Энциклопедия элементов ДНК

Поделись знанием:
Перейти к: навигация, поиск
ENCODE
Содержимое
Описание

Whole-genome database

Контакты
Исследовательский центр

University of California Santa Cruz

Лаборатория

Center for Biomolecular Science and Engineering

Авторы

Brian J Raney[1]

Оригинальная публикация

PMID 21037257

Дата выпуска

2010

Сайт

[encodeproject.org/ roject.org]

Шаблон: просмотр • обсуждение • править

Энциклопедия элементов ДНК (англ. The Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE) — международный исследовательский консорциум, организованный и финансируемый американским Национальным институтом исследований генома человека (англ. National Human Genome Research Institute, NHGRI) в сентябре 2003 года[2][3][4]. Цель его работы — произвести полный анализ функций элементов генома человека, это один из самых важных проектов NHGRI после успешного завершения проекта «Геном человека». Все данные, полученные в ходе реализации проекта, будут опубликованы в общедоступных базах данных.

5 сентября 2012 года первые результаты проекта были опубликованы в виде 30 взаимосвязанных публикаций на сайтах журналов «Nature», «Genome Biology» и «Genome Research»[5][6]. Эти публикации показывают, что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «мусорной». Однако такие поспешные выводы подвергаются критике со стороны многих учёных, которые указывают на отсутствие необходимых доказательств функциональности этих элементов[7].





Актуальность

Геном человека содержит примерно 20 000 белок-кодирующих генов (все вместе они составляют экзом), и на их долю приходится всего около 1,5% ДНК генома человека. Первостепенная задача проекта ENCODE – определить функцию остальной части генома, большая часть которой традиционно рассматривалась как «мусор» (например, ДНК, которая не транскрибируется).

Примерно 90% однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека (которые, как было показано с помощью полногеномного поиска ассоциаций, связаны с различными заболеваниями) найдено за пределами белок-кодирующих областей.[8]

Активность и экспрессия белок-кодирующих генов может регулироваться регуломом – различными элементами ДНК, такими как промотор, регуляторные последовательности и участки хроматина, а также модификации гистонов. Считается, что изменения в регуляторных областях могут нарушать экспрессию белка и клеточные процессы и приводить к болезни ([www.genome.gov/12513456 ENCODE Project Background]). Определяя расположение этих элементов и их влияние на транскрипцию, можно выяснить связь между изменением уровня экспрессии определенного гена и развитием заболевания.[9]

ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний.[10]

На сегодняшний день проект помогает в обнаружении новых регуляторных элементов ДНК, позволяя по-новому понять организацию и регуляцию наших генов и генома, а также того, как изменения в последовательности ДНК могут влиять на развитие заболеваний.[8] Один из главных результатов проекта – описание того, что для 80% человеческого генома на данный момент показана связь хотя бы с одной биохимической функцией.[11][12] Большинство этой некодирующей ДНК участвует в регуляции экспрессии кодирующих генов.[13] Кроме того, экспрессия каждого кодирующего гена контролируется множеством регуляторых участков, расположенных как вблизи, так и на расстоянии от гена. Эти результаты демонстрируют, что генная регуляция оказывается намного сложнее, чем считалась ранее.[14]

Проект ENCODE

Проект ENCODE реализуется в три этапа: начальная фаза, фаза развития технологии и продуктивная фаза.

В течение начальной фазы консорциум ENCODE оценивал стратегии для определения различных типов элементов генома. Цель начального этапа состояла в определении набора процедур, которые в совокупности позволили бы точно и наиболее подробно охарактеризовать большие регионы генома человека, с учетом экономической рентабельности и высокой эффективности процесса. Начальная фаза должна была выявить пробелы в наборе инструментов для определения функциональных последовательностей, а также показать, если какие-то из используемых методов окажутся неэффективными или непригодными для масштабного применения. Некоторые из этих проблем пришлось решать на этапе развития технологии ENCODE (проходящим одновременно с начальным этапом проекта), целью которого была разработка новых лабораторных и вычислительных методов, которые улучшили бы определение известных функциональных последовательностей или исследование новых функциональных элементов генома. Результат первых двух этапов на примере исследования 1% человеческого генома определил наилучший способ анализа оставшихся 99% с максимальной эффективностью и наименьшими затратами во время продуктивной фазы.[10]

I фаза проекта ENCODE: начальная фаза

Во время пилотной фазы проводилось исследование и сравнение существующих методов тщательного анализа определенного участка последовательности генома человека. Она была организована как открытый консорциум и объединила исследователей с различной базой и опытом, чтобы оценить достоинства каждой техники, технологии и стратегии из разнообразного набора. В то же время целью фазы развития технологии проекта была разработка новых высокоэффективных методов для определения функциональных элементов. Целью этой работы было определение набора подходов, который бы позволил наиболее точно определять все функциональные элементы в геноме человека. Во время начальной фазы была определена способность различных методов к масштабированию для анализа всего генома человека целиком и выявлены пробелы в определении функциональных элементов в последовательности генома.

Начальная фаза проекта происходила при тесном сотрудничестве экспериментаторов и теоретиков, которое позволило оценить ряд методов для аннотирования генома человека. Набор участков, составляющий примерно 1% (30 Mb) генома человека, был выбран в качестве мишени для начальной фазы проекта и анализировался всеми участниками пилотной фазы проекта. Все данные об этих регионах, полученные участниками ENCODE, были быстро выпущены в общедоступные базы данных.[15][16]

II фаза проекта ENCODE: продуктивная фаза

В сентябре 2007 года началось финансирование продуктивной фазы проекта ENCODE. На этом этапе целью был анализ генома целиком и проведение "дополнительных исследований в промышленных условиях.[17]

Как и в начальной фазе, работа продуктивной фазы была организована в виде открытого консорциума. В октябре 2007 года Национальный институт исследований генома человека выделил на неё гранты общей суммой более 80 млн. долларов на 4 года .[18] Во время продуктивной фазы в состав проекта вошли Центр Координирования Данных, Центр Анализа Данных и Центр Технологических Разработок.[19] В это время проект превращается в по-настоящему масштабное предприятие, включающее 440 ученых из 32 лабораторий по всему миру. В 2007 году, когда начальная стадия была закончена, проект нарастил мощности в значительной степени благодаря секвенированию нового поколения. Было обработано действительно много данных, исследователи получили около 15 терабайт сырой информации.

К 2010 году проектом ENCODE было получено более 1000 полногеномных наборов данных. Взятые вместе эти данные демонстрируют, какие участки транскрибируются, какие участки, по-видимому, контролируют экспрессию генов, используемых в клетках определенного типа, и какие участки взаимодействуют с большим набором белков. Основными биологическими испытаниями, используемыми в ENCODE являются ChIP-seq, поиск ДНКазаI-гиперчувствительных областей, RNA-seq и исследование метилирования ДНК.

Консорциум ENCODE

Консорциум ENCODE в основном состоит из ученых, которые спонсируются Национальным институтом исследований генома человека США. Другие участники проекта входят в Консорциум или Аналитическую рабочую группу.

Начальная фаза проекта состояла из восьми исследовательских групп и двенадцати групп, участвующих в фазе развития технологии проекта ENCODE ([www.genome.gov/12513391 ENCODE Pilot Project: Participants and Projects]). К концу 2007 года, когда пилотная фаза проекта официально завершилась, количество участников возросло до 440 ученых из 32 лабораторий, расположенных по всему миру. В настоящее время консорциум состоит из различных центров, которые выполняют различные задачи ([www.genome.gov/26525220 ENCODE Participants and Projects]):

  1. Производственные центры (ENCODE Production Centers)
  2. Центр координации данных (ENCODE Data Coordination Center)
  3. Центр анализа данных (ENCODE Data Analysis Center)
  4. Вычислительный анализ результатов (ENCODE Computational Analysis Awards)
  5. Технологическое развитие (ENCODE Technology Development Effort)

Критика

Несмотря на утверждения консорциума о том, что проект ENCODE далек от завершения, реакция на уже опубликованные статьи и освещение в прессе были положительными. Редакторы журнала Nature и авторы проекта ENCODE пишут: «... мы сотрудничали на протяжении многих месяцев, чтобы возникла эта крупнейшая новость, которая привлечет внимание не только ученого сообщества, но и широкой публики» («... collaborated over many months to make the biggest splash possible and capture the attention of not only the research community but also of the public at large»).[20] Заявление, выдвинутое в рамках проекта ENCODE, о том, что 80% геноме человека имеет биохимическую функцию[11] было быстро подхвачено научно-популярными изданиями, которые охарактеризовали результаты проекта как влекущие за собой смерть «мусорной» ДНК.[21][22]

Однако вывод о том, что основная часть генома «функциональна» было раскритиковано на тех основаниях, что проект ENCODE слишком широко определяет «функциональность», а именно: все, что транскрибируется в клетке, имеет свою функцию. Такое заключение было высказано, несмотря на общепринятую точку зрения, что множество элементов ДНК, которые транскрибируются, например, псевдогены, тем не менее, не являются функциональными. Более того, в проекте ENCODE сделан акцент в пользу чувствительности, а не специфичности, что ведет к множеству ложноположительных результатов.[23][24][25] В некоторой степени произвольный выбор клеточных линий и транскрипционных факторов, так же, как недостаток необходимых контрольных экспериментов, стали дополнительным поводом для серьезной критики в адрес ENCODE, поскольку случайная молекула ДНК может имитировать такое «функциональное» поведение в интерпретации ENCODE.[26]

В ответ на эту критику было высказано мнение, что транскрибирование большей части генома и сплайсинг, которые наблюдаются у человека, являются более точным индикатором генетической функции, чем консервативность последовательности. Кроме того, большая часть «мусорной» ДНК участвует в эпигенетической регуляции и была необходимой предпосылкой для развития сложных организмов.[27] В ответ на замечания насчет определения слова «функциональный» многие отметили, что в данном случае спор касается разницы в определении, а не сути проекта, которая заключается в предоставлении данных для последующих исследований биохимической активности не белок-кодирующих участков ДНК. Несмотря на то, что определения важны, и наука заключена в рамки языка, по-видимому, ENCODE добился своей цели, поскольку в настоящее время, в большом количестве научно-исследовательских статей используются данные, полученные проектом, а не обсуждаются определения «функциональности».[28] Эван Бирни (Ewan Birney), один из исследователей ENCODE прокомментировал некоторые реакции на проект. Он отмечает, что слово «функция» было использовано прагматично для обозначения «определенной биохимической активности», которая проявляется в различных классах экспериментов различным образом: наличие РНК, модификации гистонов, ДНКазаI-гиперчувствительные области, ChIP-seq-пики факторов транскрипции, футпринтинг ДНК, участки связывания транскрипционных факторов и экзоны.[29]

Кроме того проект критиковался за высокий бюджет (около 400 млн. долларов в общей сложности) и покровительство со стороны так называемой "большой науки", фундаментальных научных исследований, которые забирают деньги у более продуктивных научных разработок, которые приходится проводить за счет самих исследователей.[30] Стоимость начальной стадии проекта ENCODE оценивалась в 55 млн. долларов, его расширение стоило примерно 130 млн. долларов, и Национальный институт исследований генома человека США был готов выделить до 123 млн. для следующего этапа проекта. Некоторые исследователи утверждают, что должной отдачи от инвестиций до сих пор не последовало. При попытке подсчитать все публикации, в которых ENCODE играет значительную роль, с 2012 года было выявлено 300 таких статей, 110 из них основывались на результатах, полученных в лабораториях без финансового участия ENCODE. Дополнительной проблемой стало то, что ENCODE не является уникальным названием, относящимся только к проекту ENCODE, поэтому слово 'encode' (кодировать) всплывает в большом количестве литературы по генетике и исследованию генома.[8]

В качестве еще одного крупного замечания высказывается мнение, что результаты не оправдали количество потраченного времени, и что проект в принципе бесконечен по своей сути. Хотя он и сравнивается с проектом "Геном Человека" и даже назван его продолжением, "Геном Человека" имеет четкое окончание, которое в настоящее время отсутствует у ENCODE.

Авторы проекта по всей видимости разделяют беспокойство научного мира и не отрицают наличие проблем, но в то же время, пытаются оправдать свои усилия, объясняя в своих интервью подробности проекта не только научному сообществу, но и средствам массовой информации. Они говорят, что потребовалось более полу века, чтобы пройти от понимания того, что ДНК - это материальная основа наследственности для жизни, к последовательности генома человека, так что их план на следующий век - понять эту последовательность.[8]

modENCODE

По аналогии с проектом ENCODE был также начат проект картирования функциональных элементов генома основных модельных объектов — Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans — англ. Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE). Преимущество данного проекта состоит в возможности проведения некоторых экспериментов, которые трудно или невозможно осуществить на человеке, на модельных организмах.[31]

Проект был основан в 2007 году Национальным институтом здравоохранения США (англ. National Institutes of Health (NIH).[32][33] В 2010 году modENCODE консорциум представил ряд статей в Science по аннотации и анализу распределения функциональных элементов в геноме Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans. Данные из этих публикаций доступны на сайте modENCODE.[34]

В настоящий момент, modENCODE это исследовательское объединение, состоящее из 11 начальных проектов, разделенных между исследованием червя и мухи. Проект охватывает исследование следующих областей:

FactorBook

Данные анализы связывания транскрипционных факторов, полученных проектом ENCODE в настоящее время доступны в веб-хранилище FactorBook.[36] По сути дела, Factorbook.org – это база данных, созданная на вики-движке, которая содержит данные о связывании транскрипционных факторов, полученные консорциумом ENCODE. Первый выпуск FactoeBook содержит:

  • 457 наборов данных ChIP-seq для 119 транскрипционных факторов в некоторых культурах человеческих клеток
  • Профиль гистонных модификаций и позиционирования нуклеосом вокруг участков связывания транскрипционных факторов.[37]

См. также

Напишите отзыв о статье "Энциклопедия элементов ДНК"

Примечания

  1. ↑ Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ (January 2011). «ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)». Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D871–5. DOI:10.1093/nar/gkq1017. PMID 21037257.
  2. ↑ Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ (January 2011). «ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)». Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D871–5. DOI:10.1093/nar/gkq1017. PMID 21037257.
  3. ↑ [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16925836?dopt=Abstract EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project.] (англ.). PubMed.
  4. ↑ Клещенко Е. [newtimes.ru/articles/detail/57391 ДНК без мусора] // The New Times. — 2012. — Вып. 29 (256).
  5. ↑ [genome.ucsc.edu/ENCODE/ ENCODE project at UCSC]. ENCODE Consortium. Проверено 5 сентября 2012. [www.webcitation.org/6BnrEWcGF Архивировано из первоисточника 30 октября 2012].
  6. ↑ Walsh, Fergus. [www.bbc.co.uk/news/health-19202141 Detailed map of genome function] (5 сентября 2012). [www.webcitation.org/6ASmAMpP9 Архивировано] из первоисточника 6 сентября 2012. Проверено 6 сентября 2012.
  7. ↑ [judgestarling.tumblr.com/ Dan Graur's blog].
  8. ↑ 1 2 3 4 Maher B (September 2012). «ENCODE: The human encyclopaedia». Nature 489 (7414): 46–8. DOI:10.1038/489046a. PMID 22962707.
  9. ↑ Saey, Tina Hesman [www.sciencenews.org/view/generic/id/343850/title/Team_releases_sequel_to_the_human_genome Team releases sequel to the human genome]. Society for Science & the Public (6 October 2012). Проверено 18 октября 2012.
  10. ↑ 1 2 The ENCODE Project Consortium. [www.sciencemag.org/content/306/5696/636.full?ijkey=B97GTMHPpxEc2&keytype=ref&siteid=sci The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project]. Science (2004).
  11. ↑ 1 2 Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M (September 2012). «An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome». Nature 489 (7414): 57–74. DOI:10.1038/nature11247. PMID 22955616. Bibcode: [adsabs.harvard.edu/abs/2012Natur.489...57T 2012Natur.489...57T].
  12. ↑ Timmer J. [arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/ Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history]. Staff / From the Minds of Ars. Ars Technica (10 сентября 2012). Проверено 10 сентября 2012.
  13. ↑ Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M (September 2012). «An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome». Nature 489 (7414): 57–74. DOI:10.1038/nature11247. PMID 22955616. Bibcode: [adsabs.harvard.edu/abs/2012Natur.489...57T 2012Natur.489...57T].
  14. ↑ Pennisi E (September 2012). «Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA». Science 337 (6099): 1159, 1161. DOI:10.1126/science.337.6099.1159. PMID 22955811.
  15. ↑ Birney E., Stamatoyannopoulos J. A., Dutta A. et al. [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17571346 Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project.] (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 447, no. 7146. — P. 799—816. — DOI:10.1038/nature05874. — PMID 17571346. исправить
  16. ↑ ENCODE Program Staff. [www.genome.gov/26525202 ENCODE: Pilot Project: overview]. National Human Genome Research Institute (18 октября 2012).
  17. ↑ [www.genome.gov/10005107 Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects]. The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Проверено 5 августа 2011.
  18. ↑ [www.nih.gov/about/almanac/organization/NHGRI.htm National Human Genome Research Institute - Organization]. The NIH Almanac. United States National Institutes of Health. Проверено 5 августа 2011.
  19. ↑ [www.genome.gov/26525220 Genome.gov | ENCODE Participants and Projects]. The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Проверено 5 августа 2011.
  20. ↑ Maher B. [blogs.nature.com/news/2012/09/fighting-about-encode-and-junk.html Fighting about ENCODE and junk]. News Blog. Nature Publishing Group (6 сентября 2012).
  21. ↑ Kolata G. [www.nytimes.com/2012/09/06/science/far-from-junk-dna-dark-matter-proves-crucial-to-health.html?pagewanted=all Far From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health], The New York Times (5 сентября 2012).
  22. ↑ Gregory TR. [www.genomicron.evolverzone.com/2012/09/the-encode-media-hype-machine/ The ENCODE media hype machine]. Genomicron (6 сентября 2012).
  23. ↑ Graur D, Zheng Y, Price N, Azevedo RB, Zufall RA, Elhaik E (2013). «On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE». Genome Biol Evol 5 (3): 578–90. DOI:10.1093/gbe/evt028. PMID 23431001.
  24. ↑ Moran LA. [sandwalk.blogspot.com/2013/03/on-meaning-of-word-function.html Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function"]. Sandwalk (15 марта 2013).
  25. ↑ Gregory TR. [www.genomicron.evolverzone.com/2013/04/critiques-of-encode-in-peer-reviewed-journals/ Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron]. Genomicron (11 апреля 2013).
  26. ↑ White MA, Myers CA, Corbo JC, Cohen BA (July 2013). «Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110 (29): 11952–7. DOI:10.1073/pnas.1307449110. PMID 23818646. [thefinchandpea.com/2013/07/17/using-a-null-hypothesis-to-find-function-in-the-genome/ Lay summary] – thefinchandpea.com.
  27. ↑ Mattick JS, Dinger ME (2013). «The extent of functionality in the human genome». The HUGO Journal 7 (1). DOI:10.1186/1877-6566-7-2.
  28. ↑ (March 14, 2013) «[www.nature.com/news/form-and-function-1.12580 Form and function]». Nature 495: 141-142. DOI:10.1038/495141b.
  29. ↑ [genomeinformatician.blogspot.com/2012/09/encode-my-own-thoughts.html ENCODE: My own thoughts] (September 5, 2012).
  30. ↑ Timpson T. [www.mendelspod.com/podcast/debating-encode-with-dan-graur-and-michael-eisen#sthash.677QkEuH.hmZBwMqp.dpbs Debating ENCODE: Dan Graur, Michael Eisen]. Mendelspod (5 марта 2013).
  31. ↑ [www.genome.gov/26524507 The modENCODE Project: Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE)]. NHGRI website. Проверено 13 ноября 2008.
  32. ↑ [www.genome.gov/26524648 modENCODE Participants and Projects]. NHGRI website. Проверено 13 ноября 2008.
  33. ↑ [www.lbl.gov/Science-Articles/Archive/LSD-modENCODE.html Berkeley Lab Life Sciences Awarded NIH Grants for Fruit Fly, Nematode Studies]. Lawrence Berkeley National Laboratory website (14 мая 2007). Проверено 13 ноября 2008.
  34. ↑ [www.modencode.org modENCODE]. The National Human Genome Research Institute.
  35. ↑ Celniker S. [www.nature.com/nature/journal/v459/n7249/full/459927a.html Unlocking the secrets of the genome]. Nature (11 июня 2009).
  36. ↑ [www.factorbook.org/ FactorBook]
  37. ↑ Wang J. [nar.oxfordjournals.org/content/41/D1/D171.long Factorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium]. Nucleic Acid Research (29 ноября 2012).

Ссылки

  • [encodeproject.org/ Официальный сайт проекта]. [www.webcitation.org/6BnrFC0rV Архивировано из первоисточника 30 октября 2012].
  • [www.genome.gov/10005107 Проект ENCODE] на сайте NHGRI
  • [www.sanger.ac.uk/PostGenomics/encode/ Проект ENCODE/GENCODE] на сайте Wellcome Trust Sanger Institute
  • [www.nature.com/encode/ Объединённые в интерактивную схему все опубликованные материалы участников проекта ENCODE]
  • [www.nature.com/news/encode-the-human-encyclopaedia-1.11312 ENCODE: The human encyclopaedia]
  • [lenta.ru/articles/2012/09/18/encode/ И.Якутенко. Слегка преувеличили]
  • [www.modencode.org/ modENCODE официальный сайт]
  • [genome.ucsc.edu/ENCODE/index.html Энциклопедия элементов ДНК] на сайте UCSC Genome Browser
  • [www.factorbook.org/ FactorBook]
  • [www.modencode.org/ modENCODE официальный сайт]
Эта статья содержит текст, переведённый из статьи ENCODE из раздела Википедии на английском языке.
Список авторов находится на странице истории правок оригинальной статьи. Переведено из английской Википедии по состоянию на 1 мая 2015 года.
В другом языковом разделе есть более полная статья ENCODE (англ.)
Вы можете помочь проекту, расширив текущую статью с помощью перевода.

Отрывок, характеризующий Энциклопедия элементов ДНК

– Что же меня спрашивать? Генерал Армфельд предложил прекрасную позицию с открытым тылом. Или атаку von diesem italienischen Herrn, sehr schon! [этого итальянского господина, очень хорошо! (нем.) ] Или отступление. Auch gut. [Тоже хорошо (нем.) ] Что ж меня спрашивать? – сказал он. – Ведь вы сами знаете все лучше меня. – Но когда Волконский, нахмурившись, сказал, что он спрашивает его мнение от имени государя, то Пфуль встал и, вдруг одушевившись, начал говорить:
– Все испортили, все спутали, все хотели знать лучше меня, а теперь пришли ко мне: как поправить? Нечего поправлять. Надо исполнять все в точности по основаниям, изложенным мною, – говорил он, стуча костлявыми пальцами по столу. – В чем затруднение? Вздор, Kinder spiel. [детские игрушки (нем.) ] – Он подошел к карте и стал быстро говорить, тыкая сухим пальцем по карте и доказывая, что никакая случайность не может изменить целесообразности Дрисского лагеря, что все предвидено и что ежели неприятель действительно пойдет в обход, то неприятель должен быть неминуемо уничтожен.
Паулучи, не знавший по немецки, стал спрашивать его по французски. Вольцоген подошел на помощь своему принципалу, плохо говорившему по французски, и стал переводить его слова, едва поспевая за Пфулем, который быстро доказывал, что все, все, не только то, что случилось, но все, что только могло случиться, все было предвидено в его плане, и что ежели теперь были затруднения, то вся вина была только в том, что не в точности все исполнено. Он беспрестанно иронически смеялся, доказывал и, наконец, презрительно бросил доказывать, как бросает математик поверять различными способами раз доказанную верность задачи. Вольцоген заменил его, продолжая излагать по французски его мысли и изредка говоря Пфулю: «Nicht wahr, Exellenz?» [Не правда ли, ваше превосходительство? (нем.) ] Пфуль, как в бою разгоряченный человек бьет по своим, сердито кричал на Вольцогена:
– Nun ja, was soll denn da noch expliziert werden? [Ну да, что еще тут толковать? (нем.) ] – Паулучи и Мишо в два голоса нападали на Вольцогена по французски. Армфельд по немецки обращался к Пфулю. Толь по русски объяснял князю Волконскому. Князь Андрей молча слушал и наблюдал.
Из всех этих лиц более всех возбуждал участие в князе Андрее озлобленный, решительный и бестолково самоуверенный Пфуль. Он один из всех здесь присутствовавших лиц, очевидно, ничего не желал для себя, ни к кому не питал вражды, а желал только одного – приведения в действие плана, составленного по теории, выведенной им годами трудов. Он был смешон, был неприятен своей ироничностью, но вместе с тем он внушал невольное уважение своей беспредельной преданностью идее. Кроме того, во всех речах всех говоривших была, за исключением Пфуля, одна общая черта, которой не было на военном совете в 1805 м году, – это был теперь хотя и скрываемый, но панический страх перед гением Наполеона, страх, который высказывался в каждом возражении. Предполагали для Наполеона всё возможным, ждали его со всех сторон и его страшным именем разрушали предположения один другого. Один Пфуль, казалось, и его, Наполеона, считал таким же варваром, как и всех оппонентов своей теории. Но, кроме чувства уважения, Пфуль внушал князю Андрею и чувство жалости. По тому тону, с которым с ним обращались придворные, по тому, что позволил себе сказать Паулучи императору, но главное по некоторой отчаянности выражении самого Пфуля, видно было, что другие знали и он сам чувствовал, что падение его близко. И, несмотря на свою самоуверенность и немецкую ворчливую ироничность, он был жалок с своими приглаженными волосами на височках и торчавшими на затылке кисточками. Он, видимо, хотя и скрывал это под видом раздражения и презрения, он был в отчаянии оттого, что единственный теперь случай проверить на огромном опыте и доказать всему миру верность своей теории ускользал от него.
Прения продолжались долго, и чем дольше они продолжались, тем больше разгорались споры, доходившие до криков и личностей, и тем менее было возможно вывести какое нибудь общее заключение из всего сказанного. Князь Андрей, слушая этот разноязычный говор и эти предположения, планы и опровержения и крики, только удивлялся тому, что они все говорили. Те, давно и часто приходившие ему во время его военной деятельности, мысли, что нет и не может быть никакой военной науки и поэтому не может быть никакого так называемого военного гения, теперь получили для него совершенную очевидность истины. «Какая же могла быть теория и наука в деле, которого условия и обстоятельства неизвестны и не могут быть определены, в котором сила деятелей войны еще менее может быть определена? Никто не мог и не может знать, в каком будет положении наша и неприятельская армия через день, и никто не может знать, какая сила этого или того отряда. Иногда, когда нет труса впереди, который закричит: „Мы отрезаны! – и побежит, а есть веселый, смелый человек впереди, который крикнет: «Ура! – отряд в пять тысяч стоит тридцати тысяч, как под Шепграбеном, а иногда пятьдесят тысяч бегут перед восемью, как под Аустерлицем. Какая же может быть наука в таком деле, в котором, как во всяком практическом деле, ничто не может быть определено и все зависит от бесчисленных условий, значение которых определяется в одну минуту, про которую никто не знает, когда она наступит. Армфельд говорит, что наша армия отрезана, а Паулучи говорит, что мы поставили французскую армию между двух огней; Мишо говорит, что негодность Дрисского лагеря состоит в том, что река позади, а Пфуль говорит, что в этом его сила. Толь предлагает один план, Армфельд предлагает другой; и все хороши, и все дурны, и выгоды всякого положения могут быть очевидны только в тот момент, когда совершится событие. И отчего все говорят: гений военный? Разве гений тот человек, который вовремя успеет велеть подвезти сухари и идти тому направо, тому налево? Оттого только, что военные люди облечены блеском и властью и массы подлецов льстят власти, придавая ей несвойственные качества гения, их называют гениями. Напротив, лучшие генералы, которых я знал, – глупые или рассеянные люди. Лучший Багратион, – сам Наполеон признал это. А сам Бонапарте! Я помню самодовольное и ограниченное его лицо на Аустерлицком поле. Не только гения и каких нибудь качеств особенных не нужно хорошему полководцу, но, напротив, ему нужно отсутствие самых лучших высших, человеческих качеств – любви, поэзии, нежности, философского пытливого сомнения. Он должен быть ограничен, твердо уверен в том, что то, что он делает, очень важно (иначе у него недостанет терпения), и тогда только он будет храбрый полководец. Избави бог, коли он человек, полюбит кого нибудь, пожалеет, подумает о том, что справедливо и что нет. Понятно, что исстари еще для них подделали теорию гениев, потому что они – власть. Заслуга в успехе военного дела зависит не от них, а от того человека, который в рядах закричит: пропали, или закричит: ура! И только в этих рядах можно служить с уверенностью, что ты полезен!“
Так думал князь Андрей, слушая толки, и очнулся только тогда, когда Паулучи позвал его и все уже расходились.
На другой день на смотру государь спросил у князя Андрея, где он желает служить, и князь Андрей навеки потерял себя в придворном мире, не попросив остаться при особе государя, а попросив позволения служить в армии.


Ростов перед открытием кампании получил письмо от родителей, в котором, кратко извещая его о болезни Наташи и о разрыве с князем Андреем (разрыв этот объясняли ему отказом Наташи), они опять просили его выйти в отставку и приехать домой. Николай, получив это письмо, и не попытался проситься в отпуск или отставку, а написал родителям, что очень жалеет о болезни и разрыве Наташи с ее женихом и что он сделает все возможное для того, чтобы исполнить их желание. Соне он писал отдельно.
«Обожаемый друг души моей, – писал он. – Ничто, кроме чести, не могло бы удержать меня от возвращения в деревню. Но теперь, перед открытием кампании, я бы счел себя бесчестным не только перед всеми товарищами, но и перед самим собою, ежели бы я предпочел свое счастие своему долгу и любви к отечеству. Но это последняя разлука. Верь, что тотчас после войны, ежели я буду жив и все любим тобою, я брошу все и прилечу к тебе, чтобы прижать тебя уже навсегда к моей пламенной груди».
Действительно, только открытие кампании задержало Ростова и помешало ему приехать – как он обещал – и жениться на Соне. Отрадненская осень с охотой и зима со святками и с любовью Сони открыли ему перспективу тихих дворянских радостей и спокойствия, которых он не знал прежде и которые теперь манили его к себе. «Славная жена, дети, добрая стая гончих, лихие десять – двенадцать свор борзых, хозяйство, соседи, служба по выборам! – думал он. Но теперь была кампания, и надо было оставаться в полку. А так как это надо было, то Николай Ростов, по своему характеру, был доволен и той жизнью, которую он вел в полку, и сумел сделать себе эту жизнь приятною.
Приехав из отпуска, радостно встреченный товарищами, Николай был посылал за ремонтом и из Малороссии привел отличных лошадей, которые радовали его и заслужили ему похвалы от начальства. В отсутствие его он был произведен в ротмистры, и когда полк был поставлен на военное положение с увеличенным комплектом, он опять получил свой прежний эскадрон.
Началась кампания, полк был двинут в Польшу, выдавалось двойное жалованье, прибыли новые офицеры, новые люди, лошади; и, главное, распространилось то возбужденно веселое настроение, которое сопутствует началу войны; и Ростов, сознавая свое выгодное положение в полку, весь предался удовольствиям и интересам военной службы, хотя и знал, что рано или поздно придется их покинуть.
Войска отступали от Вильны по разным сложным государственным, политическим и тактическим причинам. Каждый шаг отступления сопровождался сложной игрой интересов, умозаключений и страстей в главном штабе. Для гусар же Павлоградского полка весь этот отступательный поход, в лучшую пору лета, с достаточным продовольствием, был самым простым и веселым делом. Унывать, беспокоиться и интриговать могли в главной квартире, а в глубокой армии и не спрашивали себя, куда, зачем идут. Если жалели, что отступают, то только потому, что надо было выходить из обжитой квартиры, от хорошенькой панны. Ежели и приходило кому нибудь в голову, что дела плохи, то, как следует хорошему военному человеку, тот, кому это приходило в голову, старался быть весел и не думать об общем ходе дел, а думать о своем ближайшем деле. Сначала весело стояли подле Вильны, заводя знакомства с польскими помещиками и ожидая и отбывая смотры государя и других высших командиров. Потом пришел приказ отступить к Свенцянам и истреблять провиант, который нельзя было увезти. Свенцяны памятны были гусарам только потому, что это был пьяный лагерь, как прозвала вся армия стоянку у Свенцян, и потому, что в Свенцянах много было жалоб на войска за то, что они, воспользовавшись приказанием отбирать провиант, в числе провианта забирали и лошадей, и экипажи, и ковры у польских панов. Ростов помнил Свенцяны потому, что он в первый день вступления в это местечко сменил вахмистра и не мог справиться с перепившимися всеми людьми эскадрона, которые без его ведома увезли пять бочек старого пива. От Свенцян отступали дальше и дальше до Дриссы, и опять отступили от Дриссы, уже приближаясь к русским границам.
13 го июля павлоградцам в первый раз пришлось быть в серьезном деле.
12 го июля в ночь, накануне дела, была сильная буря с дождем и грозой. Лето 1812 года вообще было замечательно бурями.
Павлоградские два эскадрона стояли биваками, среди выбитого дотла скотом и лошадьми, уже выколосившегося ржаного поля. Дождь лил ливмя, и Ростов с покровительствуемым им молодым офицером Ильиным сидел под огороженным на скорую руку шалашиком. Офицер их полка, с длинными усами, продолжавшимися от щек, ездивший в штаб и застигнутый дождем, зашел к Ростову.
– Я, граф, из штаба. Слышали подвиг Раевского? – И офицер рассказал подробности Салтановского сражения, слышанные им в штабе.
Ростов, пожимаясь шеей, за которую затекала вода, курил трубку и слушал невнимательно, изредка поглядывая на молодого офицера Ильина, который жался около него. Офицер этот, шестнадцатилетний мальчик, недавно поступивший в полк, был теперь в отношении к Николаю тем, чем был Николай в отношении к Денисову семь лет тому назад. Ильин старался во всем подражать Ростову и, как женщина, был влюблен в него.
Офицер с двойными усами, Здржинский, рассказывал напыщенно о том, как Салтановская плотина была Фермопилами русских, как на этой плотине был совершен генералом Раевским поступок, достойный древности. Здржинский рассказывал поступок Раевского, который вывел на плотину своих двух сыновей под страшный огонь и с ними рядом пошел в атаку. Ростов слушал рассказ и не только ничего не говорил в подтверждение восторга Здржинского, но, напротив, имел вид человека, который стыдился того, что ему рассказывают, хотя и не намерен возражать. Ростов после Аустерлицкой и 1807 года кампаний знал по своему собственному опыту, что, рассказывая военные происшествия, всегда врут, как и сам он врал, рассказывая; во вторых, он имел настолько опытности, что знал, как все происходит на войне совсем не так, как мы можем воображать и рассказывать. И потому ему не нравился рассказ Здржинского, не нравился и сам Здржинский, который, с своими усами от щек, по своей привычке низко нагибался над лицом того, кому он рассказывал, и теснил его в тесном шалаше. Ростов молча смотрел на него. «Во первых, на плотине, которую атаковали, должна была быть, верно, такая путаница и теснота, что ежели Раевский и вывел своих сыновей, то это ни на кого не могло подействовать, кроме как человек на десять, которые были около самого его, – думал Ростов, – остальные и не могли видеть, как и с кем шел Раевский по плотине. Но и те, которые видели это, не могли очень воодушевиться, потому что что им было за дело до нежных родительских чувств Раевского, когда тут дело шло о собственной шкуре? Потом оттого, что возьмут или не возьмут Салтановскую плотину, не зависела судьба отечества, как нам описывают это про Фермопилы. И стало быть, зачем же было приносить такую жертву? И потом, зачем тут, на войне, мешать своих детей? Я бы не только Петю брата не повел бы, даже и Ильина, даже этого чужого мне, но доброго мальчика, постарался бы поставить куда нибудь под защиту», – продолжал думать Ростов, слушая Здржинского. Но он не сказал своих мыслей: он и на это уже имел опыт. Он знал, что этот рассказ содействовал к прославлению нашего оружия, и потому надо было делать вид, что не сомневаешься в нем. Так он и делал.
– Однако мочи нет, – сказал Ильин, замечавший, что Ростову не нравится разговор Здржинского. – И чулки, и рубашка, и под меня подтекло. Пойду искать приюта. Кажется, дождик полегче. – Ильин вышел, и Здржинский уехал.
Через пять минут Ильин, шлепая по грязи, прибежал к шалашу.
– Ура! Ростов, идем скорее. Нашел! Вот тут шагов двести корчма, уж туда забрались наши. Хоть посушимся, и Марья Генриховна там.
Марья Генриховна была жена полкового доктора, молодая, хорошенькая немка, на которой доктор женился в Польше. Доктор, или оттого, что не имел средств, или оттого, что не хотел первое время женитьбы разлучаться с молодой женой, возил ее везде за собой при гусарском полку, и ревность доктора сделалась обычным предметом шуток между гусарскими офицерами.
Ростов накинул плащ, кликнул за собой Лаврушку с вещами и пошел с Ильиным, где раскатываясь по грязи, где прямо шлепая под утихавшим дождем, в темноте вечера, изредка нарушаемой далекими молниями.
– Ростов, ты где?
– Здесь. Какова молния! – переговаривались они.


В покинутой корчме, перед которою стояла кибиточка доктора, уже было человек пять офицеров. Марья Генриховна, полная белокурая немочка в кофточке и ночном чепчике, сидела в переднем углу на широкой лавке. Муж ее, доктор, спал позади ее. Ростов с Ильиным, встреченные веселыми восклицаниями и хохотом, вошли в комнату.
– И! да у вас какое веселье, – смеясь, сказал Ростов.
– А вы что зеваете?
– Хороши! Так и течет с них! Гостиную нашу не замочите.
– Марьи Генриховны платье не запачкать, – отвечали голоса.
Ростов с Ильиным поспешили найти уголок, где бы они, не нарушая скромности Марьи Генриховны, могли бы переменить мокрое платье. Они пошли было за перегородку, чтобы переодеться; но в маленьком чуланчике, наполняя его весь, с одной свечкой на пустом ящике, сидели три офицера, играя в карты, и ни за что не хотели уступить свое место. Марья Генриховна уступила на время свою юбку, чтобы употребить ее вместо занавески, и за этой занавеской Ростов и Ильин с помощью Лаврушки, принесшего вьюки, сняли мокрое и надели сухое платье.
В разломанной печке разложили огонь. Достали доску и, утвердив ее на двух седлах, покрыли попоной, достали самоварчик, погребец и полбутылки рому, и, попросив Марью Генриховну быть хозяйкой, все столпились около нее. Кто предлагал ей чистый носовой платок, чтобы обтирать прелестные ручки, кто под ножки подкладывал ей венгерку, чтобы не было сыро, кто плащом занавешивал окно, чтобы не дуло, кто обмахивал мух с лица ее мужа, чтобы он не проснулся.
– Оставьте его, – говорила Марья Генриховна, робко и счастливо улыбаясь, – он и так спит хорошо после бессонной ночи.
– Нельзя, Марья Генриховна, – отвечал офицер, – надо доктору прислужиться. Все, может быть, и он меня пожалеет, когда ногу или руку резать станет.
Стаканов было только три; вода была такая грязная, что нельзя было решить, когда крепок или некрепок чай, и в самоваре воды было только на шесть стаканов, но тем приятнее было по очереди и старшинству получить свой стакан из пухлых с короткими, не совсем чистыми, ногтями ручек Марьи Генриховны. Все офицеры, казалось, действительно были в этот вечер влюблены в Марью Генриховну. Даже те офицеры, которые играли за перегородкой в карты, скоро бросили игру и перешли к самовару, подчиняясь общему настроению ухаживанья за Марьей Генриховной. Марья Генриховна, видя себя окруженной такой блестящей и учтивой молодежью, сияла счастьем, как ни старалась она скрывать этого и как ни очевидно робела при каждом сонном движении спавшего за ней мужа.
Ложка была только одна, сахару было больше всего, но размешивать его не успевали, и потому было решено, что она будет поочередно мешать сахар каждому. Ростов, получив свой стакан и подлив в него рому, попросил Марью Генриховну размешать.
– Да ведь вы без сахара? – сказала она, все улыбаясь, как будто все, что ни говорила она, и все, что ни говорили другие, было очень смешно и имело еще другое значение.
– Да мне не сахар, мне только, чтоб вы помешали своей ручкой.
Марья Генриховна согласилась и стала искать ложку, которую уже захватил кто то.
– Вы пальчиком, Марья Генриховна, – сказал Ростов, – еще приятнее будет.
– Горячо! – сказала Марья Генриховна, краснея от удовольствия.
Ильин взял ведро с водой и, капнув туда рому, пришел к Марье Генриховне, прося помешать пальчиком.
– Это моя чашка, – говорил он. – Только вложите пальчик, все выпью.
Когда самовар весь выпили, Ростов взял карты и предложил играть в короли с Марьей Генриховной. Кинули жребий, кому составлять партию Марьи Генриховны. Правилами игры, по предложению Ростова, было то, чтобы тот, кто будет королем, имел право поцеловать ручку Марьи Генриховны, а чтобы тот, кто останется прохвостом, шел бы ставить новый самовар для доктора, когда он проснется.
– Ну, а ежели Марья Генриховна будет королем? – спросил Ильин.
– Она и так королева! И приказания ее – закон.
Только что началась игра, как из за Марьи Генриховны вдруг поднялась вспутанная голова доктора. Он давно уже не спал и прислушивался к тому, что говорилось, и, видимо, не находил ничего веселого, смешного или забавного во всем, что говорилось и делалось. Лицо его было грустно и уныло. Он не поздоровался с офицерами, почесался и попросил позволения выйти, так как ему загораживали дорогу. Как только он вышел, все офицеры разразились громким хохотом, а Марья Генриховна до слез покраснела и тем сделалась еще привлекательнее на глаза всех офицеров. Вернувшись со двора, доктор сказал жене (которая перестала уже так счастливо улыбаться и, испуганно ожидая приговора, смотрела на него), что дождь прошел и что надо идти ночевать в кибитку, а то все растащат.
– Да я вестового пошлю… двух! – сказал Ростов. – Полноте, доктор.
– Я сам стану на часы! – сказал Ильин.
– Нет, господа, вы выспались, а я две ночи не спал, – сказал доктор и мрачно сел подле жены, ожидая окончания игры.
Глядя на мрачное лицо доктора, косившегося на свою жену, офицерам стало еще веселей, и многие не могла удерживаться от смеха, которому они поспешно старались приискивать благовидные предлоги. Когда доктор ушел, уведя свою жену, и поместился с нею в кибиточку, офицеры улеглись в корчме, укрывшись мокрыми шинелями; но долго не спали, то переговариваясь, вспоминая испуг доктора и веселье докторши, то выбегая на крыльцо и сообщая о том, что делалось в кибиточке. Несколько раз Ростов, завертываясь с головой, хотел заснуть; но опять чье нибудь замечание развлекало его, опять начинался разговор, и опять раздавался беспричинный, веселый, детский хохот.


В третьем часу еще никто не заснул, как явился вахмистр с приказом выступать к местечку Островне.
Все с тем же говором и хохотом офицеры поспешно стали собираться; опять поставили самовар на грязной воде. Но Ростов, не дождавшись чаю, пошел к эскадрону. Уже светало; дождик перестал, тучи расходились. Было сыро и холодно, особенно в непросохшем платье. Выходя из корчмы, Ростов и Ильин оба в сумерках рассвета заглянули в глянцевитую от дождя кожаную докторскую кибиточку, из под фартука которой торчали ноги доктора и в середине которой виднелся на подушке чепчик докторши и слышалось сонное дыхание.


Источник — «http://wiki-org.ru/wiki/index.php?title=Энциклопедия_элементов_ДНК&oldid=77200704»