AutoDock
Поделись знанием:
К:Википедия:Статьи без изображений (тип: не указан)
Результаты определенной энергии доступны в виде совокупности слагаемых скоринг функции, а также конечной энергии взаимодействия ΔG ккал/моль, а также константы ингибирования Ki.
После этого показан результат кластеризации, и далее отдельно вынесен результат для каждого кластера показана населенность (Num in cluster), лучшая энергия (Lowest binding energy), к какому конкретно запуску она относится (Run):
Сказать «завтра» и выдержать тон приличия было не трудно; но приехать одному домой, увидать сестер, брата, мать, отца, признаваться и просить денег, на которые не имеешь права после данного честного слова, было ужасно.
Дома еще не спали. Молодежь дома Ростовых, воротившись из театра, поужинав, сидела у клавикорд. Как только Николай вошел в залу, его охватила та любовная, поэтическая атмосфера, которая царствовала в эту зиму в их доме и которая теперь, после предложения Долохова и бала Иогеля, казалось, еще более сгустилась, как воздух перед грозой, над Соней и Наташей. Соня и Наташа в голубых платьях, в которых они были в театре, хорошенькие и знающие это, счастливые, улыбаясь, стояли у клавикорд. Вера с Шиншиным играла в шахматы в гостиной. Старая графиня, ожидая сына и мужа, раскладывала пасьянс с старушкой дворянкой, жившей у них в доме. Денисов с блестящими глазами и взъерошенными волосами сидел, откинув ножку назад, у клавикорд, и хлопая по ним своими коротенькими пальцами, брал аккорды, и закатывая глаза, своим маленьким, хриплым, но верным голосом, пел сочиненное им стихотворение «Волшебница», к которому он пытался найти музыку.
Волшебница, скажи, какая сила
Влечет меня к покинутым струнам;
Какой огонь ты в сердце заронила,
Какой восторг разлился по перстам!
Пел он страстным голосом, блестя на испуганную и счастливую Наташу своими агатовыми, черными глазами.
– Прекрасно! отлично! – кричала Наташа. – Еще другой куплет, – говорила она, не замечая Николая.
«У них всё то же» – подумал Николай, заглядывая в гостиную, где он увидал Веру и мать с старушкой.
– А! вот и Николенька! – Наташа подбежала к нему.
– Папенька дома? – спросил он.
– Как я рада, что ты приехал! – не отвечая, сказала Наташа, – нам так весело. Василий Дмитрич остался для меня еще день, ты знаешь?
– Нет, еще не приезжал папа, – сказала Соня.
– Коко, ты приехал, поди ко мне, дружок! – сказал голос графини из гостиной. Николай подошел к матери, поцеловал ее руку и, молча подсев к ее столу, стал смотреть на ее руки, раскладывавшие карты. Из залы всё слышались смех и веселые голоса, уговаривавшие Наташу.
– Ну, хорошо, хорошо, – закричал Денисов, – теперь нечего отговариваться, за вами barcarolla, умоляю вас.
Графиня оглянулась на молчаливого сына.
– Что с тобой? – спросила мать у Николая.
– Ах, ничего, – сказал он, как будто ему уже надоел этот всё один и тот же вопрос.
– Папенька скоро приедет?
– Я думаю.
«У них всё то же. Они ничего не знают! Куда мне деваться?», подумал Николай и пошел опять в залу, где стояли клавикорды.
Соня сидела за клавикордами и играла прелюдию той баркароллы, которую особенно любил Денисов. Наташа собиралась петь. Денисов восторженными глазами смотрел на нее.
Николай стал ходить взад и вперед по комнате.
«И вот охота заставлять ее петь? – что она может петь? И ничего тут нет веселого», думал Николай.
Соня взяла первый аккорд прелюдии.
«Боже мой, я погибший, я бесчестный человек. Пулю в лоб, одно, что остается, а не петь, подумал он. Уйти? но куда же? всё равно, пускай поют!»
Николай мрачно, продолжая ходить по комнате, взглядывал на Денисова и девочек, избегая их взглядов.
«Николенька, что с вами?» – спросил взгляд Сони, устремленный на него. Она тотчас увидала, что что нибудь случилось с ним.
Николай отвернулся от нее. Наташа с своею чуткостью тоже мгновенно заметила состояние своего брата. Она заметила его, но ей самой так было весело в ту минуту, так далека она была от горя, грусти, упреков, что она (как это часто бывает с молодыми людьми) нарочно обманула себя. Нет, мне слишком весело теперь, чтобы портить свое веселье сочувствием чужому горю, почувствовала она, и сказала себе:
«Нет, я верно ошибаюсь, он должен быть весел так же, как и я». Ну, Соня, – сказала она и вышла на самую середину залы, где по ее мнению лучше всего был резонанс. Приподняв голову, опустив безжизненно повисшие руки, как это делают танцовщицы, Наташа, энергическим движением переступая с каблучка на цыпочку, прошлась по середине комнаты и остановилась.
«Вот она я!» как будто говорила она, отвечая на восторженный взгляд Денисова, следившего за ней.
«И чему она радуется! – подумал Николай, глядя на сестру. И как ей не скучно и не совестно!» Наташа взяла первую ноту, горло ее расширилось, грудь выпрямилась, глаза приняли серьезное выражение. Она не думала ни о ком, ни о чем в эту минуту, и из в улыбку сложенного рта полились звуки, те звуки, которые может производить в те же промежутки времени и в те же интервалы всякий, но которые тысячу раз оставляют вас холодным, в тысячу первый раз заставляют вас содрогаться и плакать.
Наташа в эту зиму в первый раз начала серьезно петь и в особенности оттого, что Денисов восторгался ее пением. Она пела теперь не по детски, уж не было в ее пеньи этой комической, ребяческой старательности, которая была в ней прежде; но она пела еще не хорошо, как говорили все знатоки судьи, которые ее слушали. «Не обработан, но прекрасный голос, надо обработать», говорили все. Но говорили это обыкновенно уже гораздо после того, как замолкал ее голос. В то же время, когда звучал этот необработанный голос с неправильными придыханиями и с усилиями переходов, даже знатоки судьи ничего не говорили, и только наслаждались этим необработанным голосом и только желали еще раз услыхать его. В голосе ее была та девственная нетронутость, то незнание своих сил и та необработанная еще бархатность, которые так соединялись с недостатками искусства пенья, что, казалось, нельзя было ничего изменить в этом голосе, не испортив его.
«Что ж это такое? – подумал Николай, услыхав ее голос и широко раскрывая глаза. – Что с ней сделалось? Как она поет нынче?» – подумал он. И вдруг весь мир для него сосредоточился в ожидании следующей ноты, следующей фразы, и всё в мире сделалось разделенным на три темпа: «Oh mio crudele affetto… [О моя жестокая любовь…] Раз, два, три… раз, два… три… раз… Oh mio crudele affetto… Раз, два, три… раз. Эх, жизнь наша дурацкая! – думал Николай. Всё это, и несчастье, и деньги, и Долохов, и злоба, и честь – всё это вздор… а вот оно настоящее… Hy, Наташа, ну, голубчик! ну матушка!… как она этот si возьмет? взяла! слава Богу!» – и он, сам не замечая того, что он поет, чтобы усилить этот si, взял втору в терцию высокой ноты. «Боже мой! как хорошо! Неужели это я взял? как счастливо!» подумал он.
О! как задрожала эта терция, и как тронулось что то лучшее, что было в душе Ростова. И это что то было независимо от всего в мире, и выше всего в мире. Какие тут проигрыши, и Долоховы, и честное слово!… Всё вздор! Можно зарезать, украсть и всё таки быть счастливым…
Давно уже Ростов не испытывал такого наслаждения от музыки, как в этот день. Но как только Наташа кончила свою баркароллу, действительность опять вспомнилась ему. Он, ничего не сказав, вышел и пошел вниз в свою комнату. Через четверть часа старый граф, веселый и довольный, приехал из клуба. Николай, услыхав его приезд, пошел к нему.
– Ну что, повеселился? – сказал Илья Андреич, радостно и гордо улыбаясь на своего сына. Николай хотел сказать, что «да», но не мог: он чуть было не зарыдал. Граф раскуривал трубку и не заметил состояния сына.
«Эх, неизбежно!» – подумал Николай в первый и последний раз. И вдруг самым небрежным тоном, таким, что он сам себе гадок казался, как будто он просил экипажа съездить в город, он сказал отцу.
– Папа, а я к вам за делом пришел. Я было и забыл. Мне денег нужно.
– Вот как, – сказал отец, находившийся в особенно веселом духе. – Я тебе говорил, что не достанет. Много ли?
– Очень много, – краснея и с глупой, небрежной улыбкой, которую он долго потом не мог себе простить, сказал Николай. – Я немного проиграл, т. е. много даже, очень много, 43 тысячи.
– Что? Кому?… Шутишь! – крикнул граф, вдруг апоплексически краснея шеей и затылком, как краснеют старые люди.
– Я обещал заплатить завтра, – сказал Николай.
– Ну!… – сказал старый граф, разводя руками и бессильно опустился на диван.
– Что же делать! С кем это не случалось! – сказал сын развязным, смелым тоном, тогда как в душе своей он считал себя негодяем, подлецом, который целой жизнью не мог искупить своего преступления. Ему хотелось бы целовать руки своего отца, на коленях просить его прощения, а он небрежным и даже грубым тоном говорил, что это со всяким случается.
Граф Илья Андреич опустил глаза, услыхав эти слова сына и заторопился, отыскивая что то.
– Да, да, – проговорил он, – трудно, я боюсь, трудно достать…с кем не бывало! да, с кем не бывало… – И граф мельком взглянул в лицо сыну и пошел вон из комнаты… Николай готовился на отпор, но никак не ожидал этого.
– Папенька! па…пенька! – закричал он ему вслед, рыдая; простите меня! – И, схватив руку отца, он прижался к ней губами и заплакал.
В то время, как отец объяснялся с сыном, у матери с дочерью происходило не менее важное объяснение. Наташа взволнованная прибежала к матери.
– Мама!… Мама!… он мне сделал…
– Что сделал?
– Сделал, сделал предложение. Мама! Мама! – кричала она. Графиня не верила своим ушам. Денисов сделал предложение. Кому? Этой крошечной девочке Наташе, которая еще недавно играла в куклы и теперь еще брала уроки.
– Наташа, полно, глупости! – сказала она, еще надеясь, что это была шутка.
– Ну вот, глупости! – Я вам дело говорю, – сердито сказала Наташа. – Я пришла спросить, что делать, а вы мне говорите: «глупости»…
Графиня пожала плечами.
– Ежели правда, что мосьё Денисов сделал тебе предложение, то скажи ему, что он дурак, вот и всё.
– Нет, он не дурак, – обиженно и серьезно сказала Наташа.
– Ну так что ж ты хочешь? Вы нынче ведь все влюблены. Ну, влюблена, так выходи за него замуж! – сердито смеясь, проговорила графиня. – С Богом!
– Нет, мама, я не влюблена в него, должно быть не влюблена в него.
– Ну, так так и скажи ему.
– Мама, вы сердитесь? Вы не сердитесь, голубушка, ну в чем же я виновата?
– Нет, да что же, мой друг? Хочешь, я пойду скажу ему, – сказала графиня, улыбаясь.
– Нет, я сама, только научите. Вам всё легко, – прибавила она, отвечая на ее улыбку. – А коли бы видели вы, как он мне это сказал! Ведь я знаю, что он не хотел этого сказать, да уж нечаянно сказал.
– Ну всё таки надо отказать.
– Нет, не надо. Мне так его жалко! Он такой милый.
– Ну, так прими предложение. И то пора замуж итти, – сердито и насмешливо сказала мать.
– Нет, мама, мне так жалко его. Я не знаю, как я скажу.
– Да тебе и нечего говорить, я сама скажу, – сказала графиня, возмущенная тем, что осмелились смотреть, как на большую, на эту маленькую Наташу.
– Нет, ни за что, я сама, а вы слушайте у двери, – и Наташа побежала через гостиную в залу, где на том же стуле, у клавикорд, закрыв лицо руками, сидел Денисов. Он вскочил на звук ее легких шагов.
– Натали, – сказал он, быстрыми шагами подходя к ней, – решайте мою судьбу. Она в ваших руках!
– Василий Дмитрич, мне вас так жалко!… Нет, но вы такой славный… но не надо… это… а так я вас всегда буду любить.
Денисов нагнулся над ее рукою, и она услыхала странные, непонятные для нее звуки. Она поцеловала его в черную, спутанную, курчавую голову. В это время послышался поспешный шум платья графини. Она подошла к ним.
– Василий Дмитрич, я благодарю вас за честь, – сказала графиня смущенным голосом, но который казался строгим Денисову, – но моя дочь так молода, и я думала, что вы, как друг моего сына, обратитесь прежде ко мне. В таком случае вы не поставили бы меня в необходимость отказа.
– Г'афиня, – сказал Денисов с опущенными глазами и виноватым видом, хотел сказать что то еще и запнулся.
Наташа не могла спокойно видеть его таким жалким. Она начала громко всхлипывать.
– Г'афиня, я виноват перед вами, – продолжал Денисов прерывающимся голосом, – но знайте, что я так боготво'ю вашу дочь и всё ваше семейство, что две жизни отдам… – Он посмотрел на графиню и, заметив ее строгое лицо… – Ну п'ощайте, г'афиня, – сказал он, поцеловал ее руку и, не взглянув на Наташу, быстрыми, решительными шагами вышел из комнаты.
На другой день Ростов проводил Денисова, который не хотел более ни одного дня оставаться в Москве. Денисова провожали у цыган все его московские приятели, и он не помнил, как его уложили в сани и как везли первые три станции.
После отъезда Денисова, Ростов, дожидаясь денег, которые не вдруг мог собрать старый граф, провел еще две недели в Москве, не выезжая из дому, и преимущественно в комнате барышень.
Соня была к нему нежнее и преданнее чем прежде. Она, казалось, хотела показать ему, что его проигрыш был подвиг, за который она теперь еще больше любит его; но Николай теперь считал себя недостойным ее.
Autodock — одна из самый распространённых программ молекулярного докинга. В основном её применяют для белок-лигандного докинга, в том числе с учётом подвижных остатков белка.
Содержание
О программе
AutoDock - одна из самых цитируемых программ докинга. На 2009 год количество цитирований основных статей превысило 1200.
AutoDock поддерживается и разрабатывается лабораториями The Scripps Research Institute и Olson Laboratory.
Версия AutoDock 4 доступна под GNU General Public License. AutoDock Vina доступна под Apache license.
История
Autodock 1
Первая версия базируется на силовом поле Amber. Скоринг функция является суммой потенциала Леннарда-Джонса, энергии водородных связей, электростатических взаимодействий. Начиная с самой первой версии Autodock представляет собой совокупность 2х программ: Autodock - собственно программа, проводящая докинг и Autogrid - программа, позволяющая рассчитывать сетки потенциалов. Для каждой макромолекулы (рецептора) достаточно рассчитать сетки потенциалов для каждого типа атомов один раз, что позволяет запускать расчеты для любого лиганда, состоящего из этих атомов. В реализации доступны алгоритмы монте карло и метод имитации отжига[1].
Autodock 2.4
Появилось много улучшений, сопутствующих программ для параллельных запусков. Новый алгоритм для улучшения поиска в случае лигандов с большим количеством степеней свободы на основе принципа разделяй и властвуй. Улучшен алгоритм локальной оптимизации [2]
Autodock 3
Для оптимизации поиска впервые был применен комбинированный генетический алгоритм LGA [3]. Новая скоринг функция, калибрующаяся на 30 белок-лигандных комплексах[4].
Autodock 4, 4.2
Появляется белок-белковый докинг, возможность учёта подвижных остатков рецептора. Улучшена скоринг функция. Калибровка на 250 структурах из PDBBind. Появился autodocktols[5] - специальное программное обеспечение для подготовки файлов к докингу[6].
Autodock Vina
Разрабатывается совместно с сообществом ученых. Принципиально новая скоринг функция, основанная на алгоритме X-Score[7]. Показывает результаты существенно лучше, чем autodock 4.2. Разработана с учётом развития мультипроцессорных систем[8].
Механизм работы
Докинг проводится в кубическую область внутри рецептора (docking box).
С помощью AutoGrid для рецептора создается набор бинарных файлов - сеток потенциалов. Они описывают для каждого атома, входящего в docking box, его потенциал взаимодействия с пробным атомом определенного химического элемента. Сколько нужно элементов определяется химическим составом лигандов, с которыми требуется провести докинг. На каждый вид химического элемента создается по 1-2 файла.
AutoDock, используя эти файлы, проводит докинг. Лиганд, помимо совокупности атомов, связей и зарядов, внутри autodock описывается набором чисел - положением в docking box, поворотом всех активных торсионных углов. Autodock оптимальным образом перебирает все возможные комбинации этих чисел, чтобы в итоге найти самое оптимальное с точки зрения энергии взаимодействия с рецептором положение лиганда в docking box. Поэтому в качестве docking box обычно выбирают куб со стороной 10-30 ангстрем таким образом, чтобы он включал в себя активный центр рецептора.
Полный перебор всех возможных положений в активном центре и всех конформаций лиганда - очень время- и ресурсо-затратная задача. Для этого в Autodock применяются алгоритмы поиска глобального минимума: монте карло, имитации отжига, генетические алгоритмы: LGA.
Пример работы Autodock 4.2:
- Генерируется популяция лигандов определенного размера (300 по умолчанию)
- Для них рассчитывается энергия взаимодействия с рецептором
- Для каждого лиганда генерируется новое положение путем изменения некоторых параметров, описывающих его по определенному алгоритму (доступно несколько). Для него рассчитывается энергия, если она лучше прошлой - новые параметры лиганда сохраняются и он заменяет исходный
- Шаг 3 повторяется определенное большое количество раз (или пока изменения не перестанут происходить)
- Вся последовательность шагов выполняется несколько раз (независимые запуски)
- Результаты множественных запусков кластеризуются по положению в docking box с отсечкой по RMSD 1 ангстрем.
- Для всех находок в кластере считается энергия взаимодействия с рецептором. Энергией кластера считается самая лучшая в этом кластере
- Финальная энергия рассчитывается для лучших кластеров как разность между разностями энергий перехода из несвязанного положения в связанное рецептора с лигандом.[9]
Интерпретация результатов
В результате работы Autodock для одного лиганда получается dlg файл. В нём записан подробный отчет о работе программы. Он содержит в себе результаты каждого конкретного запуска с конечным положением лиганда (структура лиганда записана в формате pdbqt), определенной энергией затраченным на расчет временем: BEGINNING LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKING
Run: 198 / 200
Date: Sun Apr 27 18:19:56 2008
Output level is set to 1.
Creating an initial population of 500 individuals.
Assigning a random translation and a random orientation to each of the 500 individuals.
Beginning Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), with a maximum of 10000000
energy evaluations.
Generation: 100 Oldest's energy: -3.254 Lowest energy: -3.254 Num.evals.: 465685 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 200 Oldest's energy: -3.258 Lowest energy: -3.258 Num.evals.: 930783 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 300 Oldest's energy: -3.258 Lowest energy: -3.258 Num.evals.: 1395938 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.00s, System= 0.00s
Generation: 400 Oldest's energy: -3.289 Lowest energy: -3.289 Num.evals.: 1841909 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 500 Oldest's energy: -3.307 Lowest energy: -3.307 Num.evals.: 2293760 Timing: Real= 0.00s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 600 Oldest's energy: -3.307 Lowest energy: -3.307 Num.evals.: 2751641 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 700 Oldest's energy: -3.308 Lowest energy: -3.308 Num.evals.: 3198004 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 800 Oldest's energy: 207607.188 Lowest energy: -3.313 Num.evals.: 3653584 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 900 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 4113757 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1000 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 4574886 Timing: Real= 0.00s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1100 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 5037904 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1200 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 5483971 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1300 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 5939687 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.00s, System= 0.00s
Generation: 1400 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 6398825 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.00s, System= 0.00s
Generation: 1500 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 6850116 Timing: Real= 0.00s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1600 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 7296265 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1700 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 7747442 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1800 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 8189692 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 1900 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 8646513 Timing: Real= 0.01s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 2000 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 9097712 Timing: Real= 0.02s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Generation: 2100 Oldest's energy: -3.314 Lowest energy: -3.314 Num.evals.: 9559184 Timing: Real= 0.00s, CPU= 0.01s, System= 0.00s
Final-Value: -3.315
Run completed; time taken for this run:
Real= 1m 01.77s, CPU= 1m 01.76s, System= 0.00s
6:20 58" p.m., 04/27/2008
Total number of Energy Evaluations: 10003206
Total number of Generations: 2196
FINAL LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKED STATE
_______________________________________________
State: 7.500 9.610 -6.446 -0.058 0.619 0.784 157.287
DOCKED: MODEL 198
DOCKED: USER Run = 198
DOCKED: USER DPF = fucose.2OBS_v4.dpf
DOCKED: USER
DOCKED: USER Estimated Free Energy of Binding = -3.31 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
DOCKED: USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 3.72 mM (millimolar) [Temperature = 298.15 K]
DOCKED: USER
DOCKED: USER (1) Final Intermolecular Energy = -3.31 kcal/mol
DOCKED: USER vdW + Hbond + desolv Energy = -3.32 kcal/mol
DOCKED: USER Electrostatic Energy = +0.01 kcal/mol
DOCKED: USER (2) Final Total Internal Energy = +0.00 kcal/mol
DOCKED: USER (3) Torsional Free Energy = +0.00 kcal/mol
DOCKED: USER (4) Unbound System's Energy = +0.00 kcal/mol
DOCKED: USER
DOCKED: USER
DOCKED: USER NEWDPF move fucose.pdbqt
DOCKED: USER NEWDPF about 16.516399 11.864500 -8.193000
DOCKED: USER NEWDPF tran0 7.500210 9.609984 -6.445766
DOCKED: USER NEWDPF quaternion0 -0.057288 0.606502 0.768178 0.196913
DOCKED: USER NEWDPF axisangle0 -0.058432 0.618614 0.783519 157.286960
DOCKED: USER NEWDPF quat0 -0.058432 0.618614 0.783519 157.286960 # deprecated
DOCKED: USER
DOCKED: REMARK 0 active torsions:
DOCKED: REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
DOCKED: USER x y z vdW Elec q Type
DOCKED: USER _______ _______ _______ _____ _____ ______ ____
DOCKED: ROOT
DOCKED: ATOM 1 C1 FUC B 1 6.967 9.452 -7.966 -0.10 -0.00 +0.303 C
DOCKED: ATOM 2 C2 FUC B 1 6.884 10.670 -6.981 -0.18 -0.01 +0.244 C
DOCKED: ATOM 3 C3 FUC B 1 6.889 10.171 -5.507 -0.35 +0.01 +0.220 C
DOCKED: ATOM 4 C4 FUC B 1 8.190 9.395 -5.257 -0.28 +0.01 +0.212 C
DOCKED: ATOM 5 C5 FUC B 1 8.281 8.227 -6.264 -0.29 -0.00 +0.151 C
DOCKED: ATOM 6 C6 FUC B 1 9.594 7.454 -6.112 -0.37 -0.00 +0.035 C
DOCKED: ATOM 7 O1 FUC B 1 5.693 8.669 -7.961 -0.04 +0.01 -0.187 OA
DOCKED: ATOM 8 O2 FUC B 1 5.714 11.421 -7.235 -0.14 +0.04 -0.215 OA
DOCKED: ATOM 9 O3 FUC B 1 6.809 11.260 -4.595 -0.61 -0.04 -0.218 OA
DOCKED: ATOM 10 O4 FUC B 1 9.308 10.266 -5.403 -0.81 +0.00 -0.218 OA
DOCKED: ATOM 11 O5 FUC B 1 8.173 8.726 -7.623 -0.14 -0.00 -0.327 OA
DOCKED: ENDROOT
DOCKED: TORSDOF 0
DOCKED: TER
DOCKED: ENDMDL
________________________________________________________________________________DOCKED: USER Estimated Free Energy of Binding = -11.16 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
DOCKED: USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 6.64 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
DOCKED: USER
DOCKED: USER (1) Final Intermolecular Energy = -15.00 kcal/mol
DOCKED: USER vdW + Hbond + desolv Energy = -14.46 kcal/mol
DOCKED: USER Electrostatic Energy = -0.53 kcal/mol
DOCKED: USER (2) Final Total Internal Energy = -1.18 kcal/mol
DOCKED: USER (3) Torsional Free Energy = +3.84 kcal/mol
DOCKED: USER (4) Unbound System's Energy = -1.18 kcal/mol CLUSTERING HISTOGRAM
____________________
________________________________________________________________________________
| | | | |
Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram
-ter | Binding | | Binding | in |
Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25 30 35
_____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____|____:___
1 | -3.44 | 150 | -3.44 | 2 |##
2 | -3.42 | 63 | -3.41 | 42 |#x42
3 | -3.42 | 187 | -3.40 | 83 |#x83
4 | -3.38 | 115 | -3.36 | 33 |#x33
5 | -3.32 | 128 | -3.31 | 37 |#x37
6 | -3.28 | 122 | -3.27 | 3 |###
_____|___________|_____|___________|_____|______________________________________Собственно результатами являются энергия ΔG и положение лиганда в активном центре рецептора.
Разница энергий лигандов в первом приближении показывает, насколько один лиганд лучше связывается рецептором, чем другой. Положение лиганда в активном центре позволяет предсказывать механизм связывания[10].
Применение
Autodock широко применяется в научном сообществе как программа для молекулярного докинга, так и для виртуального скрининга больших библиотек соединений (например ZINC)[11].
С его помощью нашли ингибиторы ВИЧ протеазы[12].
Autodock (в основном Vina) широко применяется в большом числе автоматических систем виртуального скрининга[13][14][15].
Напишите отзыв о статье "AutoDock"
Примечания
- ↑ Goodsell, D. S. and Olson, A. J. (1990), "[www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2281083 Automated Docking of Substrates to Proteins by Simulated Annealing.]", Proteins:Structure, Function and Genetics. Т. 8 (3): 195–202, doi:[dx.doi.org/10.1002%2Fprot.340080302 10.1002/prot.340080302], <www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2281083>
- ↑ Morris, G. M., Goodsell, D. S., Huey, R. and Olson (1996), "[www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2281083 Distributed automated docking of flexible ligands to proteins: Parallel applications of AutoDock 2.4.]", J. Computer-Aided Molecular Design. Т. 10 (4): 293-304, doi:[dx.doi.org/10.1007%2FBF00124499 10.1007/BF00124499], <www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2281083>
- ↑ Jan Fuhrmann, Alexander Rurainski, Hans-Peter Lenhof, Dirk Neumann [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20082382 A new Lamarckian genetic algorithm for flexible ligand-receptor docking] // Journal of Computational Chemistry. — 2010-07-15. — Т. 31, вып. 9. — С. 1911–1918. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=1096-987X&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 1096-987X]. — DOI:10.1002/jcc.21478.
- ↑ Morris, G. M., Goodsell, D. S., Halliday, R.S., Huey, R., Hart, W. E., Belew, R. K. and Olson, A. J. (1998), "[onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14%3C1639::AID-JCC10%3E3.0.CO;2-B/abstract Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and and Empirical Binding Free Energy Function]", J. Computational Chemistry. Т. 19: 1639-1662, doi:[dx.doi.org/10.1002%2F%28SICI%291096-987X%2819981115%2919%3A14%3C1639%3A%3AAID-JCC10%3E3.0.CO%3B2-B 10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B], <onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14%3C1639::AID-JCC10%3E3.0.CO;2-B/abstract>
- ↑ [autodock.scripps.edu/resources/adt ADT / AutoDockTools]. autodock.scripps.edu. Проверено 15 мая 2016.
- ↑ Morris, G. M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M. F., Belew, R. K., Goodsell, D. S. and Olson, A. J. (2009), "[www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2760638/ Autodock4 and AutoDockTools4: automated docking with selective receptor flexiblity]", J. Computational Chemistry. Т. 16: 2785-2791, doi:[dx.doi.org/10.1002%2Fjcc.21256 10.1002/jcc.21256], <www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2760638/>
- ↑ Wang R, Lai L, Wang S. (2002), "[www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12197663 Further development and validation of empirical scoring functions for structure-based binding affinity prediction.]", Journal of Computer-Aided Molecular Design. Т. vol. (16): 11–26., <www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12197663>
- ↑ Trott, O.; Olson, A.J. (2010), "[onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21334/abstract AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading]", Journal of Computational Chemistry Т. 31 (2): 455-461, doi:[dx.doi.org/10.1002%2Fjcc.21334 10.1002/jcc.21334], <onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21334/abstract>
- ↑ Garrett M. Morris, Ruth Huey, William Lindstrom, Michel F. Sanner, Richard K. Belew [www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2760638/ AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated Docking with Selective Receptor Flexibility] // Journal of computational chemistry. — 2009-12-01. — Т. 30, вып. 16. — С. 2785–2791. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=0192-8651&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 0192-8651]. — DOI:10.1002/jcc.21256.
- ↑ Xiaoli Ma, Jin Yan, Kailin Xu, Luiqi Guo, Hui Li [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27131098 Binding mechanism of trans-N-caffeoyltyramine and human serum albumin: Investigation by multi-spectroscopy and docking simulation] // Bioorganic Chemistry. — 2016-04-22. — Т. 66. — С. 102–110. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=1090-2120&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 1090-2120]. — DOI:10.1016/j.bioorg.2016.04.002.
- ↑ Richa Anand [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27147082 Identification of Potential Antituberculosis Drugs Through Docking and Virtual Screening] // Interdisciplinary Sciences, Computational Life Sciences. — 2016-05-05. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=1867-1462&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 1867-1462]. — DOI:10.1007/s12539-016-0175-6.
- ↑ Julie R. Schames, Richard H. Henchman, Jay S. Siegel, Christoph A. Sotriffer, Haihong Ni [dx.doi.org/10.1021/jm0341913 Discovery of a Novel Binding Trench in HIV Integrase] // Journal of Medicinal Chemistry. — 2004-04-01. — Т. 47, вып. 8. — С. 1879–1881. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=0022-2623&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 0022-2623]. — DOI:10.1021/jm0341913.
- ↑ Maciej Wójcikowski, Piotr Zielenkiewicz, Pawel Siedlecki [jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/s13321-015-0078-2 Open Drug Discovery Toolkit (ODDT): a new open-source player in the drug discovery field] (En) // Journal of Cheminformatics. — 2015-06-22. — Т. 7, вып. 1. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=1758-2946&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 1758-2946]. — DOI:10.1186/s13321-015-0078-2.
- ↑ [autodock.scripps.edu/resources/raccoon2 AutoDock | Raccoon2]. autodock.scripps.edu. Проверено 15 мая 2016.
- ↑ Vikas Sharma, Kiran Kumar Pattanaik, Venkatesan Jayprakash, Arijit Basu, Nibha Mishra [www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2825580/ A utility script for automating and integrating AutoDock and other associated programs for virtual screening.] // Bioinformation. — 2009-09-06. — Т. 4, вып. 2. — С. 84–86. — ISSN [www.sigla.ru/table.jsp?f=8&t=3&v0=0973-2063&f=1003&t=1&v1=&f=4&t=2&v2=&f=21&t=3&v3=&f=1016&t=3&v4=&f=1016&t=3&v5=&bf=4&b=&d=0&ys=&ye=&lng=&ft=&mt=&dt=&vol=&pt=&iss=&ps=&pe=&tr=&tro=&cc=UNION&i=1&v=tagged&s=0&ss=0&st=0&i18n=ru&rlf=&psz=20&bs=20&ce=hJfuypee8JzzufeGmImYYIpZKRJeeOeeWGJIZRrRRrdmtdeee88NJJJJpeeefTJ3peKJJ3UWWPtzzzzzzzzzzzzzzzzzbzzvzzpy5zzjzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzztzzzzzzzbzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzzvzzzzzzyeyTjkDnyHzTuueKZePz9decyzzLzzzL*.c8.NzrGJJvufeeeeeJheeyzjeeeeJh*peeeeKJJJJJJJJJJmjHvOJJJJJJJJJfeeeieeeeSJJJJJSJJJ3TeIJJJJ3..E.UEAcyhxD.eeeeeuzzzLJJJJ5.e8JJJheeeeeeeeeeeeyeeK3JJJJJJJJ*s7defeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeSJJJJJJJJZIJJzzz1..6LJJJJJJtJJZ4....EK*&debug=false 0973-2063].
Ссылки
- [autodock.scripps.edu/ Сайт разработчиков.]
Отрывок, характеризующий AutoDock
– Завтра, – сказал Ростов, и вышел из комнаты.Сказать «завтра» и выдержать тон приличия было не трудно; но приехать одному домой, увидать сестер, брата, мать, отца, признаваться и просить денег, на которые не имеешь права после данного честного слова, было ужасно.
Дома еще не спали. Молодежь дома Ростовых, воротившись из театра, поужинав, сидела у клавикорд. Как только Николай вошел в залу, его охватила та любовная, поэтическая атмосфера, которая царствовала в эту зиму в их доме и которая теперь, после предложения Долохова и бала Иогеля, казалось, еще более сгустилась, как воздух перед грозой, над Соней и Наташей. Соня и Наташа в голубых платьях, в которых они были в театре, хорошенькие и знающие это, счастливые, улыбаясь, стояли у клавикорд. Вера с Шиншиным играла в шахматы в гостиной. Старая графиня, ожидая сына и мужа, раскладывала пасьянс с старушкой дворянкой, жившей у них в доме. Денисов с блестящими глазами и взъерошенными волосами сидел, откинув ножку назад, у клавикорд, и хлопая по ним своими коротенькими пальцами, брал аккорды, и закатывая глаза, своим маленьким, хриплым, но верным голосом, пел сочиненное им стихотворение «Волшебница», к которому он пытался найти музыку.
Волшебница, скажи, какая сила
Влечет меня к покинутым струнам;
Какой огонь ты в сердце заронила,
Какой восторг разлился по перстам!
Пел он страстным голосом, блестя на испуганную и счастливую Наташу своими агатовыми, черными глазами.
– Прекрасно! отлично! – кричала Наташа. – Еще другой куплет, – говорила она, не замечая Николая.
«У них всё то же» – подумал Николай, заглядывая в гостиную, где он увидал Веру и мать с старушкой.
– А! вот и Николенька! – Наташа подбежала к нему.
– Папенька дома? – спросил он.
– Как я рада, что ты приехал! – не отвечая, сказала Наташа, – нам так весело. Василий Дмитрич остался для меня еще день, ты знаешь?
– Нет, еще не приезжал папа, – сказала Соня.
– Коко, ты приехал, поди ко мне, дружок! – сказал голос графини из гостиной. Николай подошел к матери, поцеловал ее руку и, молча подсев к ее столу, стал смотреть на ее руки, раскладывавшие карты. Из залы всё слышались смех и веселые голоса, уговаривавшие Наташу.
– Ну, хорошо, хорошо, – закричал Денисов, – теперь нечего отговариваться, за вами barcarolla, умоляю вас.
Графиня оглянулась на молчаливого сына.
– Что с тобой? – спросила мать у Николая.
– Ах, ничего, – сказал он, как будто ему уже надоел этот всё один и тот же вопрос.
– Папенька скоро приедет?
– Я думаю.
«У них всё то же. Они ничего не знают! Куда мне деваться?», подумал Николай и пошел опять в залу, где стояли клавикорды.
Соня сидела за клавикордами и играла прелюдию той баркароллы, которую особенно любил Денисов. Наташа собиралась петь. Денисов восторженными глазами смотрел на нее.
Николай стал ходить взад и вперед по комнате.
«И вот охота заставлять ее петь? – что она может петь? И ничего тут нет веселого», думал Николай.
Соня взяла первый аккорд прелюдии.
«Боже мой, я погибший, я бесчестный человек. Пулю в лоб, одно, что остается, а не петь, подумал он. Уйти? но куда же? всё равно, пускай поют!»
Николай мрачно, продолжая ходить по комнате, взглядывал на Денисова и девочек, избегая их взглядов.
«Николенька, что с вами?» – спросил взгляд Сони, устремленный на него. Она тотчас увидала, что что нибудь случилось с ним.
Николай отвернулся от нее. Наташа с своею чуткостью тоже мгновенно заметила состояние своего брата. Она заметила его, но ей самой так было весело в ту минуту, так далека она была от горя, грусти, упреков, что она (как это часто бывает с молодыми людьми) нарочно обманула себя. Нет, мне слишком весело теперь, чтобы портить свое веселье сочувствием чужому горю, почувствовала она, и сказала себе:
«Нет, я верно ошибаюсь, он должен быть весел так же, как и я». Ну, Соня, – сказала она и вышла на самую середину залы, где по ее мнению лучше всего был резонанс. Приподняв голову, опустив безжизненно повисшие руки, как это делают танцовщицы, Наташа, энергическим движением переступая с каблучка на цыпочку, прошлась по середине комнаты и остановилась.
«Вот она я!» как будто говорила она, отвечая на восторженный взгляд Денисова, следившего за ней.
«И чему она радуется! – подумал Николай, глядя на сестру. И как ей не скучно и не совестно!» Наташа взяла первую ноту, горло ее расширилось, грудь выпрямилась, глаза приняли серьезное выражение. Она не думала ни о ком, ни о чем в эту минуту, и из в улыбку сложенного рта полились звуки, те звуки, которые может производить в те же промежутки времени и в те же интервалы всякий, но которые тысячу раз оставляют вас холодным, в тысячу первый раз заставляют вас содрогаться и плакать.
Наташа в эту зиму в первый раз начала серьезно петь и в особенности оттого, что Денисов восторгался ее пением. Она пела теперь не по детски, уж не было в ее пеньи этой комической, ребяческой старательности, которая была в ней прежде; но она пела еще не хорошо, как говорили все знатоки судьи, которые ее слушали. «Не обработан, но прекрасный голос, надо обработать», говорили все. Но говорили это обыкновенно уже гораздо после того, как замолкал ее голос. В то же время, когда звучал этот необработанный голос с неправильными придыханиями и с усилиями переходов, даже знатоки судьи ничего не говорили, и только наслаждались этим необработанным голосом и только желали еще раз услыхать его. В голосе ее была та девственная нетронутость, то незнание своих сил и та необработанная еще бархатность, которые так соединялись с недостатками искусства пенья, что, казалось, нельзя было ничего изменить в этом голосе, не испортив его.
«Что ж это такое? – подумал Николай, услыхав ее голос и широко раскрывая глаза. – Что с ней сделалось? Как она поет нынче?» – подумал он. И вдруг весь мир для него сосредоточился в ожидании следующей ноты, следующей фразы, и всё в мире сделалось разделенным на три темпа: «Oh mio crudele affetto… [О моя жестокая любовь…] Раз, два, три… раз, два… три… раз… Oh mio crudele affetto… Раз, два, три… раз. Эх, жизнь наша дурацкая! – думал Николай. Всё это, и несчастье, и деньги, и Долохов, и злоба, и честь – всё это вздор… а вот оно настоящее… Hy, Наташа, ну, голубчик! ну матушка!… как она этот si возьмет? взяла! слава Богу!» – и он, сам не замечая того, что он поет, чтобы усилить этот si, взял втору в терцию высокой ноты. «Боже мой! как хорошо! Неужели это я взял? как счастливо!» подумал он.
О! как задрожала эта терция, и как тронулось что то лучшее, что было в душе Ростова. И это что то было независимо от всего в мире, и выше всего в мире. Какие тут проигрыши, и Долоховы, и честное слово!… Всё вздор! Можно зарезать, украсть и всё таки быть счастливым…
Давно уже Ростов не испытывал такого наслаждения от музыки, как в этот день. Но как только Наташа кончила свою баркароллу, действительность опять вспомнилась ему. Он, ничего не сказав, вышел и пошел вниз в свою комнату. Через четверть часа старый граф, веселый и довольный, приехал из клуба. Николай, услыхав его приезд, пошел к нему.
– Ну что, повеселился? – сказал Илья Андреич, радостно и гордо улыбаясь на своего сына. Николай хотел сказать, что «да», но не мог: он чуть было не зарыдал. Граф раскуривал трубку и не заметил состояния сына.
«Эх, неизбежно!» – подумал Николай в первый и последний раз. И вдруг самым небрежным тоном, таким, что он сам себе гадок казался, как будто он просил экипажа съездить в город, он сказал отцу.
– Папа, а я к вам за делом пришел. Я было и забыл. Мне денег нужно.
– Вот как, – сказал отец, находившийся в особенно веселом духе. – Я тебе говорил, что не достанет. Много ли?
– Очень много, – краснея и с глупой, небрежной улыбкой, которую он долго потом не мог себе простить, сказал Николай. – Я немного проиграл, т. е. много даже, очень много, 43 тысячи.
– Что? Кому?… Шутишь! – крикнул граф, вдруг апоплексически краснея шеей и затылком, как краснеют старые люди.
– Я обещал заплатить завтра, – сказал Николай.
– Ну!… – сказал старый граф, разводя руками и бессильно опустился на диван.
– Что же делать! С кем это не случалось! – сказал сын развязным, смелым тоном, тогда как в душе своей он считал себя негодяем, подлецом, который целой жизнью не мог искупить своего преступления. Ему хотелось бы целовать руки своего отца, на коленях просить его прощения, а он небрежным и даже грубым тоном говорил, что это со всяким случается.
Граф Илья Андреич опустил глаза, услыхав эти слова сына и заторопился, отыскивая что то.
– Да, да, – проговорил он, – трудно, я боюсь, трудно достать…с кем не бывало! да, с кем не бывало… – И граф мельком взглянул в лицо сыну и пошел вон из комнаты… Николай готовился на отпор, но никак не ожидал этого.
– Папенька! па…пенька! – закричал он ему вслед, рыдая; простите меня! – И, схватив руку отца, он прижался к ней губами и заплакал.
В то время, как отец объяснялся с сыном, у матери с дочерью происходило не менее важное объяснение. Наташа взволнованная прибежала к матери.
– Мама!… Мама!… он мне сделал…
– Что сделал?
– Сделал, сделал предложение. Мама! Мама! – кричала она. Графиня не верила своим ушам. Денисов сделал предложение. Кому? Этой крошечной девочке Наташе, которая еще недавно играла в куклы и теперь еще брала уроки.
– Наташа, полно, глупости! – сказала она, еще надеясь, что это была шутка.
– Ну вот, глупости! – Я вам дело говорю, – сердито сказала Наташа. – Я пришла спросить, что делать, а вы мне говорите: «глупости»…
Графиня пожала плечами.
– Ежели правда, что мосьё Денисов сделал тебе предложение, то скажи ему, что он дурак, вот и всё.
– Нет, он не дурак, – обиженно и серьезно сказала Наташа.
– Ну так что ж ты хочешь? Вы нынче ведь все влюблены. Ну, влюблена, так выходи за него замуж! – сердито смеясь, проговорила графиня. – С Богом!
– Нет, мама, я не влюблена в него, должно быть не влюблена в него.
– Ну, так так и скажи ему.
– Мама, вы сердитесь? Вы не сердитесь, голубушка, ну в чем же я виновата?
– Нет, да что же, мой друг? Хочешь, я пойду скажу ему, – сказала графиня, улыбаясь.
– Нет, я сама, только научите. Вам всё легко, – прибавила она, отвечая на ее улыбку. – А коли бы видели вы, как он мне это сказал! Ведь я знаю, что он не хотел этого сказать, да уж нечаянно сказал.
– Ну всё таки надо отказать.
– Нет, не надо. Мне так его жалко! Он такой милый.
– Ну, так прими предложение. И то пора замуж итти, – сердито и насмешливо сказала мать.
– Нет, мама, мне так жалко его. Я не знаю, как я скажу.
– Да тебе и нечего говорить, я сама скажу, – сказала графиня, возмущенная тем, что осмелились смотреть, как на большую, на эту маленькую Наташу.
– Нет, ни за что, я сама, а вы слушайте у двери, – и Наташа побежала через гостиную в залу, где на том же стуле, у клавикорд, закрыв лицо руками, сидел Денисов. Он вскочил на звук ее легких шагов.
– Натали, – сказал он, быстрыми шагами подходя к ней, – решайте мою судьбу. Она в ваших руках!
– Василий Дмитрич, мне вас так жалко!… Нет, но вы такой славный… но не надо… это… а так я вас всегда буду любить.
Денисов нагнулся над ее рукою, и она услыхала странные, непонятные для нее звуки. Она поцеловала его в черную, спутанную, курчавую голову. В это время послышался поспешный шум платья графини. Она подошла к ним.
– Василий Дмитрич, я благодарю вас за честь, – сказала графиня смущенным голосом, но который казался строгим Денисову, – но моя дочь так молода, и я думала, что вы, как друг моего сына, обратитесь прежде ко мне. В таком случае вы не поставили бы меня в необходимость отказа.
– Г'афиня, – сказал Денисов с опущенными глазами и виноватым видом, хотел сказать что то еще и запнулся.
Наташа не могла спокойно видеть его таким жалким. Она начала громко всхлипывать.
– Г'афиня, я виноват перед вами, – продолжал Денисов прерывающимся голосом, – но знайте, что я так боготво'ю вашу дочь и всё ваше семейство, что две жизни отдам… – Он посмотрел на графиню и, заметив ее строгое лицо… – Ну п'ощайте, г'афиня, – сказал он, поцеловал ее руку и, не взглянув на Наташу, быстрыми, решительными шагами вышел из комнаты.
На другой день Ростов проводил Денисова, который не хотел более ни одного дня оставаться в Москве. Денисова провожали у цыган все его московские приятели, и он не помнил, как его уложили в сани и как везли первые три станции.
После отъезда Денисова, Ростов, дожидаясь денег, которые не вдруг мог собрать старый граф, провел еще две недели в Москве, не выезжая из дому, и преимущественно в комнате барышень.
Соня была к нему нежнее и преданнее чем прежде. Она, казалось, хотела показать ему, что его проигрыш был подвиг, за который она теперь еще больше любит его; но Николай теперь считал себя недостойным ее.
