Bacteroidetes

Поделись знанием:
Перейти к: навигация, поиск
Bacteroidetes

Bacteroides biacutis
Научная классификация
Международное научное название

Bacteroidetes Krieg et al. 2012

Классы[1]

Систематика
на Викивидах

Поиск изображений
на Викискладе

Bacteroidetes (лат.) — тип грамотрицательных неспорообразующих анаэробных палочковидных бактерий, широко распространённых в окружающей среде, включая почву, ил, морскую воду, а также желудочно-кишечный тракт и кожу животных.

На настоящий момент наиболее изучены бактерии, принадлежащие к классу Bacteroidia, включающему род Bacteroides (организмы, многочисленные в экскрементах теплокровных животных, включая человека) и Porphyromonas (организмы, обитающие в ротовой полости человека).

Бактерии, входящие в род Bacteroides, являются оппортунистическими патогенами. Члены двух других классов редко являются причиной заболевания у человека.





Систематика

Тип Bacteroidetes иногда группируют вместе с Chlorobi, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, Caldithrix и Морской группой A в группу FCB или надтип[2]. По альтернативной системе классификации, предложенной Кавалир-Смитом, этот таксон помещается в класс типа Sphingobacteria.

Родство типов Bacteroidetes, Chlorobi и Fibrobacteres

Виды типов Bacteroidetes и Chlorobi располагаются очень близко на филогенетических деревьях, указывая на близкое родство. Используя сравнительный генетический анализ, были определены три белка, которые имеются только у типов Bacteroidetes и Chlorobi[2]. Также были обнаружены консервативные таксонспецифичные инделы, подтверждающие общее происхождение этих двух типов[2][3]. В дополнение к этому, было показано, что тип Fibrobacteres является родственным данным двум типам. Существование клады, состоящей из этих трёх типов хорошо подтверждается филогенетическим анализом, основанном на последовательности нескольких различных белков[3]. Эти типы ответвляются от филогенетического дерева примерно в одной и той же позиции[4]. И, наконец, наиболее весомыми доводами в пользу родственных связей являются два консервативных таксонспецифичных индела: в RpoC (бета-субъединице РНК полимеразы) и серин гидроксиметилтрансферазе, а также один специфичный белок PG00081, которые разделяют все бактерии из этих трёх типов[2][3].

Семейства

На май 2015 г. тип Bacteroidetes включает таксоны до семейства включительно[1]:

Геномика

Сравнительный генетический анализ привёл к идентификации 27 белков, присутствующих у большинства организмов типа Bacteroidetes. Из них один белок был найден во всех секвестрированных геномах, в то время как ещё два — во всех, кроме бактерий рода Bacteroides. Отсутствие этих двух белков в данном роде скорее всего является результатом селективной потери[2]. Кроме того, были найдены ещё четыре белка, присутствующие во всех видах Bacteroidetes кроме Cytophaga hutchinsonii (опять-таки благодаря выборочной потере генов). Ещё восемь белков присутствуют во всех секвестрированных геномах sequenced Bacteroidetes кроме Salinibacter ruber. Отсутствие этих белков может быть связано либо, опять-таки, с выборочной потерей, либо, поскольку S. ruber ответвляется от остального родословного дерева группы очень рано, эти белки могли появиться уже после отделения S. ruber. Был также найден консервативный таксонспецифичный индел (вставка или делеция) («сonserved signature indel», CSIs) для этой группы бактерий: делеция трёх аминокислот в шапероне ClpB присутствует во всех видах типа Bacteroidetes, кроме S. ruber. Эта делеция также найдена в одном из видов Chlorobi и одном виде архей, по всей видимости попав туда в результате горизонтального переноса генов. Эти 27 белков и делеция трёх аминокислот служат молекулярными маркерами для Bacteroidetes[2].

Филогения

Принятая на сегодняшний день таксономия основана на List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[5] и данным Национального центра биотехнологической информации (NCBI)[6]. Филогения основана на анализе последовательностей 16S рРНК в 'The All-Species Living Tree' Project[7].



?Bifissio spartinaeXin & Zhou 2001



?‘Candidatus Amoebophilus asiaticusHorn et al. 2001



?‘Candidatus Cardinium hertigiiZchori-Fein et al. 2004



?‘Candidatus Paenicardinium endoniiNoel and Atibalentja 2006



?Toxothrix trichogenes(Cholodny 1924) Beger 1953



?Venteria marinaBae 2005



Rhodothermaceae




Balneola-Gracilimonas clade



Cytophagales

Cytophagaceae 2





Bacteroidetes Order III incertae sedis [incl. Flexibacter species group 2]



Flammeovirgaceae 1





Microscilla clade [incl. Flexibacter species group 3]




Flammeovirgaceae 2 [incl. Ekhidna lutea]




Fulvivirga-Reichenbachiella clade




Cesiribacter-Marivirga clade




Cytophagaceae 1




Cytophagaceae 3




Cytophagaceae 4



Cyclobacteriaceae [incl. Litoribacter ruber & Rhodonellum psychrophilum]













Sphingobacteriaceae [incl. Flavobacterium mizutaii]





Saprospiraceae



Chitinophagaceae





Cryomorphaceae 1 [incl. Schleiferia thermophila]



Flavobacteriales

?‘Candidatus Sulcia muelleriMoran et al. 2005



?‘Candidatus Uzinura diaspidicolaGruwell et al. 2007



?Phaeocystidibacter luteus



?Salinirepens amamiensis



?Blattabacteriaceae



Cryomorphaceae 2



Flavobacteriaceae



Bacteroidales

?‘Candidatus Armantifilum devescovinaeDesai et al. 2010



?‘Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae



?‘Candidatus Symbiothrix dinenymphaeHongoh et al. 2007



?‘Candidatus Vestibaculum illigatumStingl et al. 2004



?Alkalitalea saponilacus



?Thermophagus xiamenensis



Rikenellaceae





Cytophaga fermentans Bachmann 1955



Marinifilum fragile Na et al. 2009






Sunxiuqinia elliptica Qu et al. 2011





Meniscus glaucopis Irgens 1977



Prolixibacter bellariavorans Holmes et al. 2007







Alkaliflexus imshenetskii Zhilina et al. 2005




Marinilabiliaceae 1




Marinilabiliaceae 2 [incl. Cytophaga xylanolytica]




Porphyromonadaceae 2




Porphyromonadaceae 1



Bacteroidaceae [incl. Prevotellaceae]

















Примечания к кладограмме:
♠ Штаммы найдены в Национальном центре биотехнологической информации, но не указаны в List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
♪ Прокариоты, у которых не выделены чистые культуры, т. e. не культивированы или не могут быть поддержаны в культуре более чем несколько пересевов

См. также

Напишите отзыв о статье "Bacteroidetes"

Примечания

  1. 1 2 [www.bacterio.net/-classifphyla.html#Bacteroidetes LPSN: Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria)]
  2. 1 2 3 4 5 6 Gupta, R. S. and Lorenzini, E. (2007). Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the Bacteroidetes and Chlorobi species" BMC Evolutionary Biology 7:71. DOI:10.1186/1471-2148-7-71
  3. 1 2 3 Gupta, R. S. (2004). The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes. Critical Reviews in Microbiology. 30:123-140. DOI:10.1080/10408410490435133
  4. Griffiths E, Gupta RS. (2001) The use of signature sequences in different proteins to determine the relative branching order of bacterial divisions: evidence that Fibrobacter diverged at a similar time to Chlamydia and the Cytophaga- Flavobacterium-Bacteroides division" Microbiology147:2611-22.
  5. J.P. Euzéby. [www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Bacteroidetes Bacteroidetes]. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[www.bacterio.cict.fr/introduction.html]. Проверено 20 марта 2013.
  6. Sayers et al. [www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=976&lvl=4&lin Bacteroidetes]. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database [www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi]. Проверено 20 марта 2013.
  7. 'The All-Species Living Tree' Project.[www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_111/LTPs111_SSU_tree.pdf 16S rRNA-based LTP release 111 (full tree)]. Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database [www.arb-silva.de/projects/living-tree]. Проверено 20 марта 2013.

Ссылки

  • [www.bacterialphylogeny.info/groupspecific/fbc/fbc.html Phylogenomics and Evolutionary Studies on Bacteriodetes, Chlorobi and Fibrobacteres Species] Bacterial (Prokaryotic) Phylogeny Webpage


Отрывок, характеризующий Bacteroidetes

У Ростовых, как и всегда по воскресениям, обедал кое кто из близких знакомых.
Пьер приехал раньше, чтобы застать их одних.
Пьер за этот год так потолстел, что он был бы уродлив, ежели бы он не был так велик ростом, крупен членами и не был так силен, что, очевидно, легко носил свою толщину.
Он, пыхтя и что то бормоча про себя, вошел на лестницу. Кучер его уже не спрашивал, дожидаться ли. Он знал, что когда граф у Ростовых, то до двенадцатого часу. Лакеи Ростовых радостно бросились снимать с него плащ и принимать палку и шляпу. Пьер, по привычке клубной, и палку и шляпу оставлял в передней.
Первое лицо, которое он увидал у Ростовых, была Наташа. Еще прежде, чем он увидал ее, он, снимая плащ в передней, услыхал ее. Она пела солфеджи в зале. Он внал, что она не пела со времени своей болезни, и потому звук ее голоса удивил и обрадовал его. Он тихо отворил дверь и увидал Наташу в ее лиловом платье, в котором она была у обедни, прохаживающуюся по комнате и поющую. Она шла задом к нему, когда он отворил дверь, но когда она круто повернулась и увидала его толстое, удивленное лицо, она покраснела и быстро подошла к нему.
– Я хочу попробовать опять петь, – сказала она. – Все таки это занятие, – прибавила она, как будто извиняясь.
– И прекрасно.
– Как я рада, что вы приехали! Я нынче так счастлива! – сказала она с тем прежним оживлением, которого уже давно не видел в ней Пьер. – Вы знаете, Nicolas получил Георгиевский крест. Я так горда за него.
– Как же, я прислал приказ. Ну, я вам не хочу мешать, – прибавил он и хотел пройти в гостиную.
Наташа остановила его.
– Граф, что это, дурно, что я пою? – сказала она, покраснев, но, не спуская глаз, вопросительно глядя на Пьера.
– Нет… Отчего же? Напротив… Но отчего вы меня спрашиваете?
– Я сама не знаю, – быстро отвечала Наташа, – но я ничего бы не хотела сделать, что бы вам не нравилось. Я вам верю во всем. Вы не знаете, как вы для меля важны и как вы много для меня сделали!.. – Она говорила быстро и не замечая того, как Пьер покраснел при этих словах. – Я видела в том же приказе он, Болконский (быстро, шепотом проговорила она это слово), он в России и опять служит. Как вы думаете, – сказала она быстро, видимо, торопясь говорить, потому что она боялась за свои силы, – простит он меня когда нибудь? Не будет он иметь против меня злого чувства? Как вы думаете? Как вы думаете?
– Я думаю… – сказал Пьер. – Ему нечего прощать… Ежели бы я был на его месте… – По связи воспоминаний, Пьер мгновенно перенесся воображением к тому времени, когда он, утешая ее, сказал ей, что ежели бы он был не он, а лучший человек в мире и свободен, то он на коленях просил бы ее руки, и то же чувство жалости, нежности, любви охватило его, и те же слова были у него на устах. Но она не дала ему времени сказать их.
– Да вы – вы, – сказала она, с восторгом произнося это слово вы, – другое дело. Добрее, великодушнее, лучше вас я не знаю человека, и не может быть. Ежели бы вас не было тогда, да и теперь, я не знаю, что бы было со мною, потому что… – Слезы вдруг полились ей в глаза; она повернулась, подняла ноты к глазам, запела и пошла опять ходить по зале.
В это же время из гостиной выбежал Петя.
Петя был теперь красивый, румяный пятнадцатилетний мальчик с толстыми, красными губами, похожий на Наташу. Он готовился в университет, но в последнее время, с товарищем своим Оболенским, тайно решил, что пойдет в гусары.
Петя выскочил к своему тезке, чтобы переговорить о деле.
Он просил его узнать, примут ли его в гусары.
Пьер шел по гостиной, не слушая Петю.
Петя дернул его за руку, чтоб обратить на себя его вниманье.
– Ну что мое дело, Петр Кирилыч. Ради бога! Одна надежда на вас, – говорил Петя.
– Ах да, твое дело. В гусары то? Скажу, скажу. Нынче скажу все.
– Ну что, mon cher, ну что, достали манифест? – спросил старый граф. – А графинюшка была у обедни у Разумовских, молитву новую слышала. Очень хорошая, говорит.
– Достал, – отвечал Пьер. – Завтра государь будет… Необычайное дворянское собрание и, говорят, по десяти с тысячи набор. Да, поздравляю вас.
– Да, да, слава богу. Ну, а из армии что?
– Наши опять отступили. Под Смоленском уже, говорят, – отвечал Пьер.
– Боже мой, боже мой! – сказал граф. – Где же манифест?
– Воззвание! Ах, да! – Пьер стал в карманах искать бумаг и не мог найти их. Продолжая охлопывать карманы, он поцеловал руку у вошедшей графини и беспокойно оглядывался, очевидно, ожидая Наташу, которая не пела больше, но и не приходила в гостиную.
– Ей богу, не знаю, куда я его дел, – сказал он.
– Ну уж, вечно растеряет все, – сказала графиня. Наташа вошла с размягченным, взволнованным лицом и села, молча глядя на Пьера. Как только она вошла в комнату, лицо Пьера, до этого пасмурное, просияло, и он, продолжая отыскивать бумаги, несколько раз взглядывал на нее.
– Ей богу, я съезжу, я дома забыл. Непременно…
– Ну, к обеду опоздаете.
– Ах, и кучер уехал.
Но Соня, пошедшая в переднюю искать бумаги, нашла их в шляпе Пьера, куда он их старательно заложил за подкладку. Пьер было хотел читать.
– Нет, после обеда, – сказал старый граф, видимо, в этом чтении предвидевший большое удовольствие.
За обедом, за которым пили шампанское за здоровье нового Георгиевского кавалера, Шиншин рассказывал городские новости о болезни старой грузинской княгини, о том, что Метивье исчез из Москвы, и о том, что к Растопчину привели какого то немца и объявили ему, что это шампиньон (так рассказывал сам граф Растопчин), и как граф Растопчин велел шампиньона отпустить, сказав народу, что это не шампиньон, а просто старый гриб немец.
– Хватают, хватают, – сказал граф, – я графине и то говорю, чтобы поменьше говорила по французски. Теперь не время.
– А слышали? – сказал Шиншин. – Князь Голицын русского учителя взял, по русски учится – il commence a devenir dangereux de parler francais dans les rues. [становится опасным говорить по французски на улицах.]
– Ну что ж, граф Петр Кирилыч, как ополченье то собирать будут, и вам придется на коня? – сказал старый граф, обращаясь к Пьеру.
Пьер был молчалив и задумчив во все время этого обеда. Он, как бы не понимая, посмотрел на графа при этом обращении.
– Да, да, на войну, – сказал он, – нет! Какой я воин! А впрочем, все так странно, так странно! Да я и сам не понимаю. Я не знаю, я так далек от военных вкусов, но в теперешние времена никто за себя отвечать не может.
После обеда граф уселся покойно в кресло и с серьезным лицом попросил Соню, славившуюся мастерством чтения, читать.
– «Первопрестольной столице нашей Москве.
Неприятель вошел с великими силами в пределы России. Он идет разорять любезное наше отечество», – старательно читала Соня своим тоненьким голоском. Граф, закрыв глаза, слушал, порывисто вздыхая в некоторых местах.
Наташа сидела вытянувшись, испытующе и прямо глядя то на отца, то на Пьера.
Пьер чувствовал на себе ее взгляд и старался не оглядываться. Графиня неодобрительно и сердито покачивала головой против каждого торжественного выражения манифеста. Она во всех этих словах видела только то, что опасности, угрожающие ее сыну, еще не скоро прекратятся. Шиншин, сложив рот в насмешливую улыбку, очевидно приготовился насмехаться над тем, что первое представится для насмешки: над чтением Сони, над тем, что скажет граф, даже над самым воззванием, ежели не представится лучше предлога.
Прочтя об опасностях, угрожающих России, о надеждах, возлагаемых государем на Москву, и в особенности на знаменитое дворянство, Соня с дрожанием голоса, происходившим преимущественно от внимания, с которым ее слушали, прочла последние слова: «Мы не умедлим сами стать посреди народа своего в сей столице и в других государства нашего местах для совещания и руководствования всеми нашими ополчениями, как ныне преграждающими пути врагу, так и вновь устроенными на поражение оного, везде, где только появится. Да обратится погибель, в которую он мнит низринуть нас, на главу его, и освобожденная от рабства Европа да возвеличит имя России!»
– Вот это так! – вскрикнул граф, открывая мокрые глаза и несколько раз прерываясь от сопенья, как будто к носу ему подносили склянку с крепкой уксусной солью. – Только скажи государь, мы всем пожертвуем и ничего не пожалеем.
Шиншин еще не успел сказать приготовленную им шутку на патриотизм графа, как Наташа вскочила с своего места и подбежала к отцу.
– Что за прелесть, этот папа! – проговорила она, целуя его, и она опять взглянула на Пьера с тем бессознательным кокетством, которое вернулось к ней вместе с ее оживлением.
– Вот так патриотка! – сказал Шиншин.
– Совсем не патриотка, а просто… – обиженно отвечала Наташа. – Вам все смешно, а это совсем не шутка…
– Какие шутки! – повторил граф. – Только скажи он слово, мы все пойдем… Мы не немцы какие нибудь…
– А заметили вы, – сказал Пьер, – что сказало: «для совещания».
– Ну уж там для чего бы ни было…
В это время Петя, на которого никто не обращал внимания, подошел к отцу и, весь красный, ломающимся, то грубым, то тонким голосом, сказал:
– Ну теперь, папенька, я решительно скажу – и маменька тоже, как хотите, – я решительно скажу, что вы пустите меня в военную службу, потому что я не могу… вот и всё…
Графиня с ужасом подняла глаза к небу, всплеснула руками и сердито обратилась к мужу.
– Вот и договорился! – сказала она.
Но граф в ту же минуту оправился от волнения.
– Ну, ну, – сказал он. – Вот воин еще! Глупости то оставь: учиться надо.
– Это не глупости, папенька. Оболенский Федя моложе меня и тоже идет, а главное, все равно я не могу ничему учиться теперь, когда… – Петя остановился, покраснел до поту и проговорил таки: – когда отечество в опасности.