Clustal

Поделись знанием:
(перенаправлено с «ClustalX»)
Перейти к: навигация, поиск
Clustal Omega
Тип

Биоинформатика

Разработчик

Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen и Andreas Wilm (Conway Institute, UCD)

Написана на

C++

Операционная система

UNIX, Linux, Mac, Windows

Последняя версия

1.2.0 (12.06.2013)

Сайт

[www.clustal.org/omega/ stal.org/omega/]

К:Википедия:Статьи без изображений (тип: не указан)
ClustalW/ClustalX
Тип

Биоинформатика

Разработчик

Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD)

Написана на

C++

Операционная система

UNIX, Linux, Mac, Windows

Последняя версия

2.1 (17.11.2010)

Сайт

[www.clustal.org stal.org]

К:Википедия:Статьи без изображений (тип: не указан)

Clustal (англ. Cluster alignment) — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей[1].

Программа представлена в трех версиях:

  • ClustalW — с интерфейсом командной строки[2].
  • ClustalX — с графическим интерфейсом[3].
  • Clustal Omega — более современная версия программы, позволяющая выравнивать сотни последовательностей в течение нескольких часов и являющаяся одной из наиболее эффективных программ для множественного выравнивания по данным тестов производительности[4]. В этой разновидности используется только интерфейс командной строки.

Напишите отзыв о статье "Clustal"



Примечания

  1. Frédéric Dardel, François Képès. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics. Wiley. 2006. p.54
  2. Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). «ClustalW and ClustalX version 2». Bioinformatics 23 (21): 2947–2948. DOI:10.1093/bioinformatics/btm404. PMID 17846036.
  3. Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). «The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools». Nucleic Acids Research 25 (24): 4876–4882. DOI:10.1093/nar/25.24.4876. PMID 9396791.
  4. Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). «Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega». Mol Syst Biol 7 7 (539). DOI:10.1038/msb.2011.75.

Ссылки

  • [www.clustal.org Clustal Homepage] (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
  • [www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Clustal Omega mirror at the EBI] (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
  • [align.genome.jp/ Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW]

Отрывок, характеризующий Clustal

– Сейчас, сейчас, – отвечал адъютант и, подскакав к толстому полковнику, стоявшему на лугу, что то передал ему и тогда уже обратился к Пьеру.
– Вы зачем сюда попали, граф? – сказал он ему с улыбкой. – Все любопытствуете?
– Да, да, – сказал Пьер. Но адъютант, повернув лошадь, ехал дальше.
– Здесь то слава богу, – сказал адъютант, – но на левом фланге у Багратиона ужасная жарня идет.
– Неужели? – спросил Пьер. – Это где же?
– Да вот поедемте со мной на курган, от нас видно. А у нас на батарее еще сносно, – сказал адъютант. – Что ж, едете?
– Да, я с вами, – сказал Пьер, глядя вокруг себя и отыскивая глазами своего берейтора. Тут только в первый раз Пьер увидал раненых, бредущих пешком и несомых на носилках. На том самом лужке с пахучими рядами сена, по которому он проезжал вчера, поперек рядов, неловко подвернув голову, неподвижно лежал один солдат с свалившимся кивером. – А этого отчего не подняли? – начал было Пьер; но, увидав строгое лицо адъютанта, оглянувшегося в ту же сторону, он замолчал.
Пьер не нашел своего берейтора и вместе с адъютантом низом поехал по лощине к кургану Раевского. Лошадь Пьера отставала от адъютанта и равномерно встряхивала его.
– Вы, видно, не привыкли верхом ездить, граф? – спросил адъютант.
– Нет, ничего, но что то она прыгает очень, – с недоуменьем сказал Пьер.
– Ээ!.. да она ранена, – сказал адъютант, – правая передняя, выше колена. Пуля, должно быть. Поздравляю, граф, – сказал он, – le bapteme de feu [крещение огнем].
Проехав в дыму по шестому корпусу, позади артиллерии, которая, выдвинутая вперед, стреляла, оглушая своими выстрелами, они приехали к небольшому лесу. В лесу было прохладно, тихо и пахло осенью. Пьер и адъютант слезли с лошадей и пешком вошли на гору.
– Здесь генерал? – спросил адъютант, подходя к кургану.
– Сейчас были, поехали сюда, – указывая вправо, отвечали ему.
Адъютант оглянулся на Пьера, как бы не зная, что ему теперь с ним делать.
– Не беспокойтесь, – сказал Пьер. – Я пойду на курган, можно?
– Да пойдите, оттуда все видно и не так опасно. А я заеду за вами.
Пьер пошел на батарею, и адъютант поехал дальше. Больше они не видались, и уже гораздо после Пьер узнал, что этому адъютанту в этот день оторвало руку.