PSI Protein Classifier

Поделись знанием:
Перейти к: навигация, поиск

PSI Protein Classifier — компьютерная программа, позволяющая обобщать результаты как последовательных, так и независимых итераций программы PSI-BLAST. Программа определяет принадлежность найденных blast'ом белков ранее известным семействам и разбивает оставшиеся белки на группы. Она позволяет количественно (числом итераций) оценить уровень родства между различными семействами белков-гомологов.



Формат анализируемых файлов

PSI Protein Classifier использует файлы, генерируемые на сайте NCBI программой PSI-BLAST. При запуске скрининга базы данных аминокислотных последовательностей с помощью PSI-BLAST надо последовательность белка, используемую в качестве запроса (query), вводить в FASTA-формате и присваивать ей бинарное имя, разделённое дефисом. При этом первая часть имени должна быть обозначением семейства, к которому она относится. Необходимо последовательно (после каждой итерации) сохранять, используя режим «Use old BLAST report format», web-страницы с результатами работы программы PSI-BLAST в виде текстовых (.txt) файлов в папке PSI-Blast (эти файлы именуются «blast-файлами»).

В качестве вспомогательных файлов PSI Protein Classifier использует файлы со списками семейств. Наличие таких файлов не является обязательным. Файлы этого типа являются текстовыми (.txt) и помещаются в папку FamilyName (эти файлы именуются «family-файлами»). В первой строчке каждого из этих файлов указывается имя семейства, при этом ему предшествуют любые два слова, а за ним идёт как минимум ещё одно. В последующих строчках указываются номера белков (GenPept accession number), относящихся к данному семейству — по одному на строчку. Важно, чтобы каждый номер содержал указание версии белка, то есть последней цифре номера предшествовала точка. Программа может также использовать в качестве family-файлов готовые списки семейств из базы данных CAZy, сохранённые в виде текстовых (.txt) файлов. Следует отметить, что база данных CAZy охватывает семейства гликозил-гидролаз и целого ряда других ферментов, действующих на углеводы и их производные.

Напишите отзыв о статье "PSI Protein Classifier"

Ссылки

[bioinform.genetika.ru/members/Naumoff/PSI_Protein_Classifier.htm PSI Protein Classifier]

  • [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19807035 Наумов Д. Г., Каррерас М. Новая программа PSI Protein Classifier автоматизирует анализ результатов программы PSI-BLAST. Молекулярная биология, 2009, 43(4):709-721.] [www.springerlink.com/content/x52603574431h747/fulltext.pdf PDF]


Отрывок, характеризующий PSI Protein Classifier

– А и то сказать, кто же их к нам звал? Поделом им, м… и… в г…. – вдруг сказал он, подняв голову. И, взмахнув нагайкой, он галопом, в первый раз во всю кампанию, поехал прочь от радостно хохотавших и ревевших ура, расстроивавших ряды солдат.
Слова, сказанные Кутузовым, едва ли были поняты войсками. Никто не сумел бы передать содержания сначала торжественной и под конец простодушно стариковской речи фельдмаршала; но сердечный смысл этой речи не только был понят, но то самое, то самое чувство величественного торжества в соединении с жалостью к врагам и сознанием своей правоты, выраженное этим, именно этим стариковским, добродушным ругательством, – это самое (чувство лежало в душе каждого солдата и выразилось радостным, долго не умолкавшим криком. Когда после этого один из генералов с вопросом о том, не прикажет ли главнокомандующий приехать коляске, обратился к нему, Кутузов, отвечая, неожиданно всхлипнул, видимо находясь в сильном волнении.


8 го ноября последний день Красненских сражений; уже смерклось, когда войска пришли на место ночлега. Весь день был тихий, морозный, с падающим легким, редким снегом; к вечеру стало выясняться. Сквозь снежинки виднелось черно лиловое звездное небо, и мороз стал усиливаться.
Мушкатерский полк, вышедший из Тарутина в числе трех тысяч, теперь, в числе девятисот человек, пришел одним из первых на назначенное место ночлега, в деревне на большой дороге. Квартиргеры, встретившие полк, объявили, что все избы заняты больными и мертвыми французами, кавалеристами и штабами. Была только одна изба для полкового командира.
Полковой командир подъехал к своей избе. Полк прошел деревню и у крайних изб на дороге поставил ружья в козлы.
Как огромное, многочленное животное, полк принялся за работу устройства своего логовища и пищи. Одна часть солдат разбрелась, по колено в снегу, в березовый лес, бывший вправо от деревни, и тотчас же послышались в лесу стук топоров, тесаков, треск ломающихся сучьев и веселые голоса; другая часть возилась около центра полковых повозок и лошадей, поставленных в кучку, доставая котлы, сухари и задавая корм лошадям; третья часть рассыпалась в деревне, устраивая помещения штабным, выбирая мертвые тела французов, лежавшие по избам, и растаскивая доски, сухие дрова и солому с крыш для костров и плетни для защиты.