Protein Data Bank

Поделись знанием:
Перейти к: навигация, поиск

Protein Data Bank, PDB — банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.

PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит, в основном, первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.[1]





История

Protein Data Bank был создан обычными учёными.[1] В 1971 году, Уолтер Хэмилтон (англ. Walter Hamilton) в Национальной лаборатории Брукхавена (англ. Brookhaven National Laboratory)) создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году, PDB управлял Том Кэцтл (англ. Tom Koeztle). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман (англ. Joel Sussman).

В октябре 1998 года[2] Protein Data Bank был перенесён в [home.rcsb.org/ Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)]; перенос информации был закончен в июне 1999 года. Новым директором стала Хелен Берман (англ. Helen M. Berman) из Университета Рутгерса.[3] В 2003 году, после образования [www.wwpdb.org wwPDB (англ. Worldwide Protein Data Bank)], Protein Data Bank стал международной организацией. Помимо RCSB, основателями wwPDB являются [www.pdbe.org Protein Data Bank in Europe (PDBe)], [www.pdbj.org Protein Data Bank in Japan (PDBj)] и [www.bmrb.wisc.edu/ Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB)].

База данных

База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени, UTC, по средам). По состоянию на февраль 2015, база данных содержит:

Метод
исследования
Белки Нуклеиновые кислоты Комплексы белков
и нуклеиновых кислот
Другое Всего
Дифракция рентгеновских лучей 88692 1606 4386 4 94688
ЯМР 9501 1107 223 8 10839
Электронная микроскопия 532 29 171 0 732
Смешанный 68 3 2 1 74
Другое 161 4 6 13 184
Всего: 98954 2749 4788 26 106517
84262 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
8154 структуры имеют файл ЯМР с геометрическими ограничениями
1911 структур имеют файл ЯМР, содержащий экспериментально определенные химические сдвиги
707 структуры имеют файл с 3DEM картой

Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.

Некоторое время [www.rcsb.org/pdb/statistics/contentGrowthChart.do?content=total&seqid=100 количество структур] в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года, прирост несколько пригас.


Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.

Программное обеспечение

Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source, так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам.[4]

  • Программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb

Напишите отзыв о статье "Protein Data Bank"

Примечания

  1. 1 2 Berman, H. M. (January 2008). «[journals.iucr.org/a/issues/2008/01/00/sc5004/sc5004.pdf The Protein Data Bank: a historical perspective]». Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1): 88–95. DOI:10.1107/S0108767307035623.
  2. Berman, H. M.; et al. (January 2000). «[nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235 The Protein Data Bank]». Nucleic Acids Res. 28 (1): 235–242. DOI:10.1093/nar/28.1.235. PMID 10592235.
  3. [www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/news_publications/newsletters/newsletter.html RCSB PDB Newsletter Archive]. RCSB Protein Data Bank. [www.webcitation.org/66tc9mFfo Архивировано из первоисточника 13 апреля 2012].
  4. см. en:Category:Molecular modelling software

Внешние ссылки

  • [www.wwpdb.org/ The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)] — основной сайт международного банка данных белков
    • [www.pdbe.org/ Protein Data Bank in Europe (PDBe)]
    • [www.pdbj.org/ Protein Data Bank in Japan (PDBj)]
    • [www.rcsb.org/ Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)]
    • [www.bmrb.wisc.edu/ Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB)]

Отрывок, характеризующий Protein Data Bank

Две девочки в белых платьях, с одинаковыми розами в черных волосах, одинаково присели, но невольно хозяйка остановила дольше свой взгляд на тоненькой Наташе. Она посмотрела на нее, и ей одной особенно улыбнулась в придачу к своей хозяйской улыбке. Глядя на нее, хозяйка вспомнила, может быть, и свое золотое, невозвратное девичье время, и свой первый бал. Хозяин тоже проводил глазами Наташу и спросил у графа, которая его дочь?
– Charmante! [Очаровательна!] – сказал он, поцеловав кончики своих пальцев.
В зале стояли гости, теснясь у входной двери, ожидая государя. Графиня поместилась в первых рядах этой толпы. Наташа слышала и чувствовала, что несколько голосов спросили про нее и смотрели на нее. Она поняла, что она понравилась тем, которые обратили на нее внимание, и это наблюдение несколько успокоило ее.
«Есть такие же, как и мы, есть и хуже нас» – подумала она.
Перонская называла графине самых значительных лиц, бывших на бале.
– Вот это голландский посланик, видите, седой, – говорила Перонская, указывая на старичка с серебряной сединой курчавых, обильных волос, окруженного дамами, которых он чему то заставлял смеяться.
– А вот она, царица Петербурга, графиня Безухая, – говорила она, указывая на входившую Элен.
– Как хороша! Не уступит Марье Антоновне; смотрите, как за ней увиваются и молодые и старые. И хороша, и умна… Говорят принц… без ума от нее. А вот эти две, хоть и нехороши, да еще больше окружены.
Она указала на проходивших через залу даму с очень некрасивой дочерью.
– Это миллионерка невеста, – сказала Перонская. – А вот и женихи.
– Это брат Безуховой – Анатоль Курагин, – сказала она, указывая на красавца кавалергарда, который прошел мимо их, с высоты поднятой головы через дам глядя куда то. – Как хорош! неправда ли? Говорят, женят его на этой богатой. .И ваш то соusin, Друбецкой, тоже очень увивается. Говорят, миллионы. – Как же, это сам французский посланник, – отвечала она о Коленкуре на вопрос графини, кто это. – Посмотрите, как царь какой нибудь. А всё таки милы, очень милы французы. Нет милей для общества. А вот и она! Нет, всё лучше всех наша Марья то Антоновна! И как просто одета. Прелесть! – А этот то, толстый, в очках, фармазон всемирный, – сказала Перонская, указывая на Безухова. – С женою то его рядом поставьте: то то шут гороховый!
Пьер шел, переваливаясь своим толстым телом, раздвигая толпу, кивая направо и налево так же небрежно и добродушно, как бы он шел по толпе базара. Он продвигался через толпу, очевидно отыскивая кого то.
Наташа с радостью смотрела на знакомое лицо Пьера, этого шута горохового, как называла его Перонская, и знала, что Пьер их, и в особенности ее, отыскивал в толпе. Пьер обещал ей быть на бале и представить ей кавалеров.
Но, не дойдя до них, Безухой остановился подле невысокого, очень красивого брюнета в белом мундире, который, стоя у окна, разговаривал с каким то высоким мужчиной в звездах и ленте. Наташа тотчас же узнала невысокого молодого человека в белом мундире: это был Болконский, который показался ей очень помолодевшим, повеселевшим и похорошевшим.
– Вот еще знакомый, Болконский, видите, мама? – сказала Наташа, указывая на князя Андрея. – Помните, он у нас ночевал в Отрадном.
– А, вы его знаете? – сказала Перонская. – Терпеть не могу. Il fait a present la pluie et le beau temps. [От него теперь зависит дождливая или хорошая погода. (Франц. пословица, имеющая значение, что он имеет успех.)] И гордость такая, что границ нет! По папеньке пошел. И связался с Сперанским, какие то проекты пишут. Смотрите, как с дамами обращается! Она с ним говорит, а он отвернулся, – сказала она, указывая на него. – Я бы его отделала, если бы он со мной так поступил, как с этими дамами.


Вдруг всё зашевелилось, толпа заговорила, подвинулась, опять раздвинулась, и между двух расступившихся рядов, при звуках заигравшей музыки, вошел государь. За ним шли хозяин и хозяйка. Государь шел быстро, кланяясь направо и налево, как бы стараясь скорее избавиться от этой первой минуты встречи. Музыканты играли Польской, известный тогда по словам, сочиненным на него. Слова эти начинались: «Александр, Елизавета, восхищаете вы нас…» Государь прошел в гостиную, толпа хлынула к дверям; несколько лиц с изменившимися выражениями поспешно прошли туда и назад. Толпа опять отхлынула от дверей гостиной, в которой показался государь, разговаривая с хозяйкой. Какой то молодой человек с растерянным видом наступал на дам, прося их посторониться. Некоторые дамы с лицами, выражавшими совершенную забывчивость всех условий света, портя свои туалеты, теснились вперед. Мужчины стали подходить к дамам и строиться в пары Польского.
Всё расступилось, и государь, улыбаясь и не в такт ведя за руку хозяйку дома, вышел из дверей гостиной. За ним шли хозяин с М. А. Нарышкиной, потом посланники, министры, разные генералы, которых не умолкая называла Перонская. Больше половины дам имели кавалеров и шли или приготовлялись итти в Польской. Наташа чувствовала, что она оставалась с матерью и Соней в числе меньшей части дам, оттесненных к стене и не взятых в Польской. Она стояла, опустив свои тоненькие руки, и с мерно поднимающейся, чуть определенной грудью, сдерживая дыхание, блестящими, испуганными глазами глядела перед собой, с выражением готовности на величайшую радость и на величайшее горе. Ее не занимали ни государь, ни все важные лица, на которых указывала Перонская – у ней была одна мысль: «неужели так никто не подойдет ко мне, неужели я не буду танцовать между первыми, неужели меня не заметят все эти мужчины, которые теперь, кажется, и не видят меня, а ежели смотрят на меня, то смотрят с таким выражением, как будто говорят: А! это не она, так и нечего смотреть. Нет, это не может быть!» – думала она. – «Они должны же знать, как мне хочется танцовать, как я отлично танцую, и как им весело будет танцовать со мною».