Protein Data Bank
Protein Data Bank, PDB — банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.
PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит, в основном, первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.[1]
История
Protein Data Bank был создан обычными учёными.[1] В 1971 году, Уолтер Хэмилтон (англ. Walter Hamilton) в Национальной лаборатории Брукхавена (англ. Brookhaven National Laboratory)) создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году, PDB управлял Том Кэцтл (англ. Tom Koeztle). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман (англ. Joel Sussman).
В октябре 1998 года[2] Protein Data Bank был перенесён в [home.rcsb.org/ Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)]; перенос информации был закончен в июне 1999 года. Новым директором стала Хелен Берман (англ. Helen M. Berman) из Университета Рутгерса.[3] В 2003 году, после образования [www.wwpdb.org wwPDB (англ. Worldwide Protein Data Bank)], Protein Data Bank стал международной организацией. Помимо RCSB, основателями wwPDB являются [www.pdbe.org Protein Data Bank in Europe (PDBe)], [www.pdbj.org Protein Data Bank in Japan (PDBj)] и [www.bmrb.wisc.edu/ Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB)].
База данных
База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени, UTC, по средам). По состоянию на февраль 2015, база данных содержит:
| Метод исследования |
Белки | Нуклеиновые кислоты | Комплексы белков и нуклеиновых кислот |
Другое | Всего |
|---|---|---|---|---|---|
| Дифракция рентгеновских лучей | 88692 | 1606 | 4386 | 4 | 94688 |
| ЯМР | 9501 | 1107 | 223 | 8 | 10839 |
| Электронная микроскопия | 532 | 29 | 171 | 0 | 732 |
| Смешанный | 68 | 3 | 2 | 1 | 74 |
| Другое | 161 | 4 | 6 | 13 | 184 |
| Всего: | 98954 | 2749 | 4788 | 26 | 106517 |
- 84262 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
- 8154 структуры имеют файл ЯМР с геометрическими ограничениями
- 1911 структур имеют файл ЯМР, содержащий экспериментально определенные химические сдвиги
- 707 структуры имеют файл с 3DEM картой
Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.
Некоторое время [www.rcsb.org/pdb/statistics/contentGrowthChart.do?content=total&seqid=100 количество структур] в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года, прирост несколько пригас.
Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.
Программное обеспечение
Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source, так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам.[4]
- Программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb
Примечания
- ↑ 1 2 Berman, H. M. (January 2008). «[journals.iucr.org/a/issues/2008/01/00/sc5004/sc5004.pdf The Protein Data Bank: a historical perspective]». Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1): 88–95. DOI:10.1107/S0108767307035623.
- ↑ Berman, H. M.; et al. (January 2000). «[nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235 The Protein Data Bank]». Nucleic Acids Res. 28 (1): 235–242. DOI:10.1093/nar/28.1.235. PMID 10592235.
- ↑ [www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/news_publications/newsletters/newsletter.html RCSB PDB Newsletter Archive]. RCSB Protein Data Bank. [www.webcitation.org/66tc9mFfo Архивировано из первоисточника 13 апреля 2012].
- ↑ см. en:Category:Molecular modelling software
Внешние ссылки
- [www.wwpdb.org/ The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)] — основной сайт международного банка данных белков
- [www.pdbe.org/ Protein Data Bank in Europe (PDBe)]
- [www.pdbj.org/ Protein Data Bank in Japan (PDBj)]
- [www.rcsb.org/ Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)]
- [www.bmrb.wisc.edu/ Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB)]
