Bioconductor

Поделись знанием:
Перейти к: навигация, поиск
Bioconductor
Тип

Биоинформатика

Операционная система

Linux, Mac OS X, Windows

Языки интерфейса

R

Последняя версия

3.0

Лицензия

[en.wikipedia.org/wiki/Artistic_License Artistic License 2.0]

Сайт

[www.bioconductor.org/ conductor.org]

К:Википедия:Статьи без изображений (тип: не указан)

Bioconductor — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.

Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаютсся в виде ежегодного отчёта[1].

На данный момент содержит более 2000 пакетов.





Цели проекта

Основными целями Bioconductor’а являются:

  • Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
  • Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez.
  • Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
  • Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
  • Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.

История проекта

Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.[2]


Этот раздел не завершён.
Вы поможете проекту, исправив и дополнив его.

Значение проекта

 Этот раздел не завершён.
Вы поможете проекту, исправив и дополнив его.

Пакеты

Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты ([www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software Software]), аннотационные пакеты ([www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___AnnotationData AnnotationData]) и экспериментальные данные ([www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___ExperimentData ExperimentData]).

В скобках указано количество пакетов в группе.

Релизы

Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R.

Версия Дата релиза Количество пакетов
(в разделе «Software») 		Зависимость
1.0 1 мая 2001 15 R 1.5
1.1 19 ноя 2002 20 R 1.6
1.2 29 мая 2003 30 R 1.7
1.3 30 окт 2003 49 R 1.8
1.4 17 мая 2004 81 R 1.9
1.5 25 окт 2004 100 R 2.0
1.6 18 мая 2005 123 R 2.1
1.7 14 окт 2005 141 R 2.2
1.8 27 апр 2006 172 R 2.3
1.9 4 окт 2006 188 R 2.4
2.0 26 апр 2007 214 R 2.5
2.1 8 окт 2007 233 R 2.6
2.2 1 мая 2008 260 R 2.7
2.3 22 окт 2008 294 R 2.8
2.4 21 апр 2009 320 R 2.9
2.5 28 окт 2009 352 R 2.10
2.6 23 апр 2010 389 R 2.11
2.7 18 окт 2010 418 R 2.12
2.8 14 апр 2011 466 R 2.13
2.9 1 ноя 2011 517 R 2.14
2.10 2 ноя 2012 554 R 2.15
2.11 3 окт 2012 610 R 2.15
2.12 4 апр 2013 671 R 3.0
2.13 15 окт 2013 749 R 3.0
2.14 14 апр 2014 824 R 3.1
3.0 14 окт 2014 934 R 3.1

Примеры использования

 Этот раздел не завершён.
Вы поможете проекту, исправив и дополнив его.

См. также

Напишите отзыв о статье "Bioconductor"

Примечания

  1. ↑ [www.bioconductor.org/about/annual-reports/ Ежегодные отчёты проекта на официальном сайте].
  2. ↑ R. Gentleman [www.bioconductor.org/about/annual-reports/AnnRep2002.pdf 2002 Annual Report for the Bioconductor. Project, DFCI]. — May 29, 2008.

Ссылки

Официальный сайт — www.bioconductor.org/

Отрывок, характеризующий Bioconductor

Маленькая княгиня, взяв платье из рук горничной, подходила к княжне Марье.
– Нет, теперь мы это сделаем просто, мило, – говорила она.
Голоса ее, m lle Bourienne и Кати, которая о чем то засмеялась, сливались в веселое лепетанье, похожее на пение птиц.
– Non, laissez moi, [Нет, оставьте меня,] – сказала княжна.
И голос ее звучал такой серьезностью и страданием, что лепетанье птиц тотчас же замолкло. Они посмотрели на большие, прекрасные глаза, полные слез и мысли, ясно и умоляюще смотревшие на них, и поняли, что настаивать бесполезно и даже жестоко.
– Au moins changez de coiffure, – сказала маленькая княгиня. – Je vous disais, – с упреком сказала она, обращаясь к m lle Bourienne, – Marieie a une de ces figures, auxquelles ce genre de coiffure ne va pas du tout. Mais du tout, du tout. Changez de grace. [По крайней мере, перемените прическу. У Мари одно из тех лиц, которым этот род прически совсем нейдет. Перемените, пожалуйста.]
– Laissez moi, laissez moi, tout ca m'est parfaitement egal, [Оставьте меня, мне всё равно,] – отвечал голос, едва удерживающий слезы.
M lle Bourienne и маленькая княгиня должны были признаться самим себе, что княжна. Марья в этом виде была очень дурна, хуже, чем всегда; но было уже поздно. Она смотрела на них с тем выражением, которое они знали, выражением мысли и грусти. Выражение это не внушало им страха к княжне Марье. (Этого чувства она никому не внушала.) Но они знали, что когда на ее лице появлялось это выражение, она была молчалива и непоколебима в своих решениях.
– Vous changerez, n'est ce pas? [Вы перемените, не правда ли?] – сказала Лиза, и когда княжна Марья ничего не ответила, Лиза вышла из комнаты.
Княжна Марья осталась одна. Она не исполнила желания Лизы и не только не переменила прически, но и не взглянула на себя в зеркало. Она, бессильно опустив глаза и руки, молча сидела и думала. Ей представлялся муж, мужчина, сильное, преобладающее и непонятно привлекательное существо, переносящее ее вдруг в свой, совершенно другой, счастливый мир. Ребенок свой, такой, какого она видела вчера у дочери кормилицы, – представлялся ей у своей собственной груди. Муж стоит и нежно смотрит на нее и ребенка. «Но нет, это невозможно: я слишком дурна», думала она.
– Пожалуйте к чаю. Князь сейчас выйдут, – сказал из за двери голос горничной.
Она очнулась и ужаснулась тому, о чем она думала. И прежде чем итти вниз, она встала, вошла в образную и, устремив на освещенный лампадой черный лик большого образа Спасителя, простояла перед ним с сложенными несколько минут руками. В душе княжны Марьи было мучительное сомненье. Возможна ли для нее радость любви, земной любви к мужчине? В помышлениях о браке княжне Марье мечталось и семейное счастие, и дети, но главною, сильнейшею и затаенною ее мечтою была любовь земная. Чувство было тем сильнее, чем более она старалась скрывать его от других и даже от самой себя. Боже мой, – говорила она, – как мне подавить в сердце своем эти мысли дьявола? Как мне отказаться так, навсегда от злых помыслов, чтобы спокойно исполнять Твою волю? И едва она сделала этот вопрос, как Бог уже отвечал ей в ее собственном сердце: «Не желай ничего для себя; не ищи, не волнуйся, не завидуй. Будущее людей и твоя судьба должна быть неизвестна тебе; но живи так, чтобы быть готовой ко всему. Если Богу угодно будет испытать тебя в обязанностях брака, будь готова исполнить Его волю». С этой успокоительной мыслью (но всё таки с надеждой на исполнение своей запрещенной, земной мечты) княжна Марья, вздохнув, перекрестилась и сошла вниз, не думая ни о своем платье, ни о прическе, ни о том, как она войдет и что скажет. Что могло всё это значить в сравнении с предопределением Бога, без воли Которого не падет ни один волос с головы человеческой.


Когда княжна Марья взошла в комнату, князь Василий с сыном уже были в гостиной, разговаривая с маленькой княгиней и m lle Bourienne. Когда она вошла своей тяжелой походкой, ступая на пятки, мужчины и m lle Bourienne приподнялись, и маленькая княгиня, указывая на нее мужчинам, сказала: Voila Marie! [Вот Мари!] Княжна Марья видела всех и подробно видела. Она видела лицо князя Василья, на мгновенье серьезно остановившееся при виде княжны и тотчас же улыбнувшееся, и лицо маленькой княгини, читавшей с любопытством на лицах гостей впечатление, которое произведет на них Marie. Она видела и m lle Bourienne с ее лентой и красивым лицом и оживленным, как никогда, взглядом, устремленным на него; но она не могла видеть его, она видела только что то большое, яркое и прекрасное, подвинувшееся к ней, когда она вошла в комнату. Сначала к ней подошел князь Василий, и она поцеловала плешивую голову, наклонившуюся над ее рукою, и отвечала на его слова, что она, напротив, очень хорошо помнит его. Потом к ней подошел Анатоль. Она всё еще не видала его. Она только почувствовала нежную руку, твердо взявшую ее, и чуть дотронулась до белого лба, над которым были припомажены прекрасные русые волосы. Когда она взглянула на него, красота его поразила ее. Анатопь, заложив большой палец правой руки за застегнутую пуговицу мундира, с выгнутой вперед грудью, а назад – спиною, покачивая одной отставленной ногой и слегка склонив голову, молча, весело глядел на княжну, видимо совершенно о ней не думая. Анатоль был не находчив, не быстр и не красноречив в разговорах, но у него зато была драгоценная для света способность спокойствия и ничем не изменяемая уверенность. Замолчи при первом знакомстве несамоуверенный человек и выкажи сознание неприличности этого молчания и желание найти что нибудь, и будет нехорошо; но Анатоль молчал, покачивал ногой, весело наблюдая прическу княжны. Видно было, что он так спокойно мог молчать очень долго. «Ежели кому неловко это молчание, так разговаривайте, а мне не хочется», как будто говорил его вид. Кроме того в обращении с женщинами у Анатоля была та манера, которая более всего внушает в женщинах любопытство, страх и даже любовь, – манера презрительного сознания своего превосходства. Как будто он говорил им своим видом: «Знаю вас, знаю, да что с вами возиться? А уж вы бы рады!» Может быть, что он этого не думал, встречаясь с женщинами (и даже вероятно, что нет, потому что он вообще мало думал), но такой у него был вид и такая манера. Княжна почувствовала это и, как будто желая ему показать, что она и не смеет думать об том, чтобы занять его, обратилась к старому князю. Разговор шел общий и оживленный, благодаря голоску и губке с усиками, поднимавшейся над белыми зубами маленькой княгини. Она встретила князя Василья с тем приемом шуточки, который часто употребляется болтливо веселыми людьми и который состоит в том, что между человеком, с которым так обращаются, и собой предполагают какие то давно установившиеся шуточки и веселые, отчасти не всем известные, забавные воспоминания, тогда как никаких таких воспоминаний нет, как их и не было между маленькой княгиней и князем Васильем. Князь Василий охотно поддался этому тону; маленькая княгиня вовлекла в это воспоминание никогда не бывших смешных происшествий и Анатоля, которого она почти не знала. M lle Bourienne тоже разделяла эти общие воспоминания, и даже княжна Марья с удовольствием почувствовала и себя втянутою в это веселое воспоминание.
– Вот, по крайней мере, мы вами теперь вполне воспользуемся, милый князь, – говорила маленькая княгиня, разумеется по французски, князю Василью, – это не так, как на наших вечерах у Annette, где вы всегда убежите; помните cette chere Annette? [милую Аннет?]
– А, да вы мне не подите говорить про политику, как Annette!
– А наш чайный столик?
– О, да!
– Отчего вы никогда не бывали у Annette? – спросила маленькая княгиня у Анатоля. – А я знаю, знаю, – сказала она, подмигнув, – ваш брат Ипполит мне рассказывал про ваши дела. – О! – Она погрозила ему пальчиком. – Еще в Париже ваши проказы знаю!
– А он, Ипполит, тебе не говорил? – сказал князь Василий (обращаясь к сыну и схватив за руку княгиню, как будто она хотела убежать, а он едва успел удержать ее), – а он тебе не говорил, как он сам, Ипполит, иссыхал по милой княгине и как она le mettait a la porte? [выгнала его из дома?]
– Oh! C'est la perle des femmes, princesse! [Ах! это перл женщин, княжна!] – обратился он к княжне.
С своей стороны m lle Bourienne не упустила случая при слове Париж вступить тоже в общий разговор воспоминаний. Она позволила себе спросить, давно ли Анатоль оставил Париж, и как понравился ему этот город. Анатоль весьма охотно отвечал француженке и, улыбаясь, глядя на нее, разговаривал с нею про ее отечество. Увидав хорошенькую Bourienne, Анатоль решил, что и здесь, в Лысых Горах, будет нескучно. «Очень недурна! – думал он, оглядывая ее, – очень недурна эта demoiselle de compagn. [компаньонка.] Надеюсь, что она возьмет ее с собой, когда выйдет за меня, – подумал он, – la petite est gentille». [малютка – мила.]
Старый князь неторопливо одевался в кабинете, хмурясь и обдумывая то, что ему делать. Приезд этих гостей сердил его. «Что мне князь Василий и его сынок? Князь Василий хвастунишка, пустой, ну и сын хорош должен быть», ворчал он про себя. Его сердило то, что приезд этих гостей поднимал в его душе нерешенный, постоянно заглушаемый вопрос, – вопрос, насчет которого старый князь всегда сам себя обманывал. Вопрос состоял в том, решится ли он когда либо расстаться с княжной Марьей и отдать ее мужу. Князь никогда прямо не решался задавать себе этот вопрос, зная вперед, что он ответил бы по справедливости, а справедливость противоречила больше чем чувству, а всей возможности его жизни. Жизнь без княжны Марьи князю Николаю Андреевичу, несмотря на то, что он, казалось, мало дорожил ею, была немыслима. «И к чему ей выходить замуж? – думал он, – наверно, быть несчастной. Вон Лиза за Андреем (лучше мужа теперь, кажется, трудно найти), а разве она довольна своей судьбой? И кто ее возьмет из любви? Дурна, неловка. Возьмут за связи, за богатство. И разве не живут в девках? Еще счастливее!» Так думал, одеваясь, князь Николай Андреевич, а вместе с тем всё откладываемый вопрос требовал немедленного решения. Князь Василий привез своего сына, очевидно, с намерением сделать предложение и, вероятно, нынче или завтра потребует прямого ответа. Имя, положение в свете приличное. «Что ж, я не прочь, – говорил сам себе князь, – но пусть он будет стоить ее. Вот это то мы и посмотрим».


Источник — «http://wiki-org.ru/wiki/index.php?title=Bioconductor&oldid=80752595»