Ро-фактор

ρ-фактор (Ро-фактор) — прокариотический белок, участвующий в терминации транскрипции. Ро-фактор связывается с сайтом паузы терминации транскрипции, открытой области одноцепочечной РНК (на протяжении 72 нуклеотидов) после открытой рамки считывания в GC-rich последовательностях, нуждающихся во вторичной структуре.

Ро-фактор является существенным транскрипционным белком у прокариот. У кишечной палочки, это ~ 274.6 kD гексамерных идентичных субъединиц. Каждая субъединица имеет РНК-связывающий и АТФ — гидролизный домены. Ро-фактор является членом семейства АТФ-зависимых гексамерных геликаз, которые функционируют путём обертывания нуклеиновых кислот вокруг одной щели, проходя по всему гексамеру. Ро-фактор действует в качестве вспомогательного фактора РНК-полимеразы .

Существуют два типа терминации транскрипции у прокариот: ро-зависимая терминация и внутренняя терминация (называемая также ро-независимая терминация). На ро-зависимые терминаторы приходится около половины терминаций E. coli, зависящих от фактора терминации. Другие факторы терминации, обнаруженные у кишечной палочки включают Tau и nusA . Ро-зависимые терминаторы были впервые обнаружены в бактериофагах геномов.

Ро-фактор действует на РНК-субстрате. Ключевая функция ро-фактора заключается в его геликазной активности, энергия для которой обеспечивается с помощью РНК-зависимого АТФ-гидролиза. Первичным сайтом связывания ро-фактора является расширенный одноцепочечный регион (~ 70 нуклеотидов, иногда 80-100 нуклеотидов), богатый цитозином и бедными в гуанином, называемый ро-утилизационным сайтом (rut), синтезируемым в РНК, выше фактической последовательности терминатора. Были выявлены несколько связывающих последовательностей ро-фактора. Консенсус не найден среди них, но различные последовательности, каждая по своему, так же как и небольшие мутации в последовательностях нарушает его функцию. Ро-фактор связывается с РНК, а затем использует активность его АТФазы, чтобы получить энергию для перемещения вдоль РНК, пока не достигнет спирального участка РНК-ДНК, где он ослабляет структуру гибридного дуплекса. РНК-полимераза приостанавливает терминацию последовательности, потому что есть специфичный сайт около 100 nt от сайта связывания ро-фактора, называемый ро-чувствительным сайтом паузы. Таким образом, даже при том, что РНК-полимераза приблизительно на 40 нуклеотидов в секунду быстрее, чем ро-фактор, это не создает проблем для механизма ро-терминации, так как РНК-полимераза позволяет ро-фактору сократить отставание.

Короче говоря, ро-фактор действует как АТФ-зависимый ослабляющий фермент, движущийся вдоль вновь образованной молекулы РНК относительно её направленности и выделяющий её из ДНК-матрицы.

Нонсенс-мутация в одном гене оперона предотвращает трансляцию последующих генов в блоке. Этот эффект называется мутационной полярностью. Распространенной причиной является отсутствие мРНК, соответствующей последующим (дистальным) частям блока. Предполагается наличие ро-зависимых терминаторов в пределах транскрипционной единицы, то есть, до терминатора, которые в данном случае и используются. Обычно эти более ранние терминаторы не используются, поскольку рибосомы предотвращают вытягивание ро-факторов из РНК-полимеразы. Но нонсенс-мутация освобождает рибосому, так что ро-фактор свободно прикрепляются и/или перемещается вдоль РНК, что позволяет ему действовать на РНК-полимеразу в качестве терминатора. В результате, фермент освобождается и дистальные участки блока транскрипции никогда не расшифровываются

Отрывок, характеризующий Ро-фактор

– Постойте, два слова. Une fois passe aux gardes… [Раз он перейдет в гвардию…] – Она замялась: – Вы хороши с Михаилом Иларионовичем Кутузовым, рекомендуйте ему Бориса в адъютанты. Тогда бы я была покойна, и тогда бы уж…
Князь Василий улыбнулся.
– Этого не обещаю. Вы не знаете, как осаждают Кутузова с тех пор, как он назначен главнокомандующим. Он мне сам говорил, что все московские барыни сговорились отдать ему всех своих детей в адъютанты.
– Нет, обещайте, я не пущу вас, милый, благодетель мой…
– Папа! – опять тем же тоном повторила красавица, – мы опоздаем.
– Ну, au revoir, [до свиданья,] прощайте. Видите?
– Так завтра вы доложите государю?
– Непременно, а Кутузову не обещаю.
– Нет, обещайте, обещайте, Basile, [Василий,] – сказала вслед ему Анна Михайловна, с улыбкой молодой кокетки, которая когда то, должно быть, была ей свойственна, а теперь так не шла к ее истощенному лицу.
Она, видимо, забыла свои годы и пускала в ход, по привычке, все старинные женские средства. Но как только он вышел, лицо ее опять приняло то же холодное, притворное выражение, которое было на нем прежде. Она вернулась к кружку, в котором виконт продолжал рассказывать, и опять сделала вид, что слушает, дожидаясь времени уехать, так как дело ее было сделано.
– Но как вы находите всю эту последнюю комедию du sacre de Milan? [миланского помазания?] – сказала Анна Павловна. Et la nouvelle comedie des peuples de Genes et de Lucques, qui viennent presenter leurs voeux a M. Buonaparte assis sur un trone, et exaucant les voeux des nations! Adorable! Non, mais c'est a en devenir folle! On dirait, que le monde entier a perdu la tete. [И вот новая комедия: народы Генуи и Лукки изъявляют свои желания господину Бонапарте. И господин Бонапарте сидит на троне и исполняет желания народов. 0! это восхитительно! Нет, от этого можно с ума сойти. Подумаешь, что весь свет потерял голову.]
Князь Андрей усмехнулся, прямо глядя в лицо Анны Павловны.
– «Dieu me la donne, gare a qui la touche», – сказал он (слова Бонапарте, сказанные при возложении короны). – On dit qu'il a ete tres beau en prononcant ces paroles, [Бог мне дал корону. Беда тому, кто ее тронет. – Говорят, он был очень хорош, произнося эти слова,] – прибавил он и еще раз повторил эти слова по итальянски: «Dio mi la dona, guai a chi la tocca».
– J'espere enfin, – продолжала Анна Павловна, – que ca a ete la goutte d'eau qui fera deborder le verre. Les souverains ne peuvent plus supporter cet homme, qui menace tout. [Надеюсь, что это была, наконец, та капля, которая переполнит стакан. Государи не могут более терпеть этого человека, который угрожает всему.]
– Les souverains? Je ne parle pas de la Russie, – сказал виконт учтиво и безнадежно: – Les souverains, madame! Qu'ont ils fait pour Louis XVII, pour la reine, pour madame Elisabeth? Rien, – продолжал он одушевляясь. – Et croyez moi, ils subissent la punition pour leur trahison de la cause des Bourbons. Les souverains? Ils envoient des ambassadeurs complimenter l'usurpateur. [Государи! Я не говорю о России. Государи! Но что они сделали для Людовика XVII, для королевы, для Елизаветы? Ничего. И, поверьте мне, они несут наказание за свою измену делу Бурбонов. Государи! Они шлют послов приветствовать похитителя престола.]
И он, презрительно вздохнув, опять переменил положение. Князь Ипполит, долго смотревший в лорнет на виконта, вдруг при этих словах повернулся всем телом к маленькой княгине и, попросив у нее иголку, стал показывать ей, рисуя иголкой на столе, герб Конде. Он растолковывал ей этот герб с таким значительным видом, как будто княгиня просила его об этом.
– Baton de gueules, engrele de gueules d'azur – maison Conde, [Фраза, не переводимая буквально, так как состоит из условных геральдических терминов, не вполне точно употребленных. Общий смысл такой : Герб Конде представляет щит с красными и синими узкими зазубренными полосами,] – говорил он.