Геномика

Гено́мика — раздел молекулярной генетики, посвящённый изучению генома и генов живых организмов.

Содержание

1 История
2 Разделы геномики
3 Примеры применения геномики в медицине
4 Примечания
5 Литература
6 См. также
7 Ссылки

История

Геномика сформировалась как особое направление в 1980—1990-х гг. вместе с возникновением первых проектов по секвенированию геномов некоторых видов живых организмов. Первым был полностью секвенирован геном бактериофага Φ-X174; (5 368 нуклеотидов) в 1977 году. Следующим этапным событием было секвенирование генома бактерии Haemophilus influenzae (1.8 Mb) (1995). После этого были полностью секвенированы геномы ещё нескольких видов, включая геном человека (2001 год — первый черновой вариант, 2003 год — завершение проекта). Её развитие стало возможно не только благодаря совершенствованию биохимических методик, но и благодаря появлению более мощной вычислительной техники, которая позволила работать с огромными массивами данных. Протяженность геномов у живых организмов подчас измеряется миллиардами пар оснований. Например, объём генома человека составляет порядка 3 млрд пар оснований. Самый крупный из известных (на начало 2010 года) геномов принадлежит одному из видов двоякодышащих рыб (примерно 110 млрд пар).

Разделы геномики

Структурная геномика

Основная статья: Структурная геномика

Структурная геномика — содержание и организация геномной информации. Имеет целью изучение генов с известной структурой для понимания их функции, а также определение пространственного строения максимального числа «ключевых» белковых молекул и его влияния на взаимодействия^[1]^[2].

Функциональная геномика

Функциональная геномика — реализация информации, записанной в геноме, от гена — к признаку.

Сравнительная геномика

Сравнительная геномика (эволюционная) — сравнительные исследования содержания и организации геномов разных организмов.

Получение полных последовательностей геномов позволило пролить свет на степень различий между геномами разных живых организмов. Ниже в таблице представлены предварительные данные о сходстве геномов разных организмов с геномом человека. Сходство дано в процентах (отражает долю пар оснований, идентичных у двух сравниваемых видов).

Вид	Сходство	Примечания и источники^[3]
Человек	99,9 %	Human Genome Project
Человек	100 %	Однояйцевые близнецы
Шимпанзе	98,4 %	Americans for Medical Progress; Jon Entine в San Francisco Examiner
Шимпанзе	98,7 %	Richard Mural из Celera Genomics, цитируется в MSNBC
Бонобо, или карликовый шимпанзе		То же, что и для шимпанзе.
Горилла	98,38 %	Основано на изучении интергенной неповторяющейся ДНК (American Journal of Human Genetics, февраль 2001, 682, стр. 444—456)
Мышь	98 %	Americans for Medical Progress
Мышь	85 %	при сравнении всех последовательностей, кодирующих белки, NHGRI
Собака	95 %	Jon Entine в San Francisco Examiner
C. elegans	74 %	Jon Entine в San Francisco Examiner
Банан	50 %	Americans for Medical Progress
Нарцисс	35 %	Steven Rose в The Guardian от 22 января 2004

Примеры применения геномики в медицине

В больнице Висконсина ребёнок в возрасте трёх лет долгое время ставил врачей в тупик, его кишечник отёк и был полностью пронизан абсцессами. К своим трем годам этот ребёнок пережил более ста отдельных хирургических операций. Для него был заказан полный сиквенс кодирующих участков его ДНК, по результатам с помощью подручных средств был выявлен виновник заболевания — белок XIAP, участвующий в сигнальных цепях запрограммированной клеточной смерти. При нормальной работе он играет очень важную роль в иммунной системе. На основе такого диагноза физиологами была рекомендована трансплантация костного мозга в июне 2010 г. К середине июня ребёнок уже смог впервые в своей жизни поесть.К:Википедия:Статьи без источников (тип: не указан)^{[источник не указан 4119 дней]}

Другой случай связан был с нетипичным раковым заболеванием у 39-летней женщины, страдающей острой формой промиелоцитарной лейкемии. При стандартных методах диагностики, однако, заболевание не было выявлено. А вот при расшифровке и анализе генома раковых клеток выяснилось, что крупный участок 15-й хромосомы переместился на 17-ю, что вызвало определённое генное взаимодействие. В результате женщина получила необходимое ей лечение.К:Википедия:Статьи без источников (тип: не указан)^{[источник не указан 4119 дней]}

Примечания

↑ Чугунов Антон. [biomolecula.ru/print.php?id=498 Ловля бабочек, или чем структурная геномика поможет биологии] (рус.). Биомолекула.ру (14.03.2009). Проверено 22 января 2010. [www.webcitation.org/65NoOsUP5 Архивировано из первоисточника 12 февраля 2012].
↑ Ясный И.Е., Цыбина Т.А., Шамшурин Д.В., Колосов П.М. [www.medlit.ru/medrus/mm/mm090615.htm Структурная геномика и медицина] // Молекулярная медицина. — 2009. — № 6. — С. 15—20.
↑ Эти данные были найдены в различных вторичных источниках, и, скорее всего, они были получены разными методами (такими, как гибридизация ДНК или выравнивание последовательностей). Следует отметить, что разные методы могут давать различные результаты, даже будучи примененными к одной и той же паре сравниваемых видов, поэтому все цифры, приведённые в данной таблице, следует рассматривать как весьма приблизительные.

Литература

Alistair R. R. Forrest et al. (2014). A promoter-level mammalian expression atlas. Nature, 507 (7493): 462 DOI:10.1038/nature13182
Andersson, R. et al.(2014) An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507, 455—461 DOI:10.1038/nature12787

См. также

Ссылки

[www.zpu-journal.ru/e-zpu/2008/7/Tishchenko/ Тищенко П. Д. Геномика: новый тип науки в новой культурной ситуации].
[www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/lproks.cgi Complete Microbial Genomes] (полностью расшифрованные геномы бактерий и архей).
[bio.fizteh.ru/student/files/biology/biolections/lection19.html Лекция № 19. Геномика].

Это заготовка статьи по молекулярной биологии. Вы можете помочь проекту, дополнив её.

Разделы генетики
Классическая генетика • Популяционная генетика • Количественная генетика • Молекулярная генетика • Медицинская генетика
Родственные статьи: Геномика • Генная инженерия • Фармакогенетика

[1] Чугунов Антон. [biomolecula.ru/print.php?id=498 Ловля бабочек, или чем структурная геномика поможет биологии] (рус.). Биомолекула.ру (14.03.2009). Проверено 22 января 2010. [www.webcitation.org/65NoOsUP5 Архивировано из первоисточника 12 февраля 2012].

[2] Ясный И.Е., Цыбина Т.А., Шамшурин Д.В., Колосов П.М. [www.medlit.ru/medrus/mm/mm090615.htm Структурная геномика и медицина] // Молекулярная медицина. — 2009. — № 6. — С. 15—20.

[3] Эти данные были найдены в различных вторичных источниках, и, скорее всего, они были получены разными методами (такими, как гибридизация ДНК или выравнивание последовательностей). Следует отметить, что разные методы могут давать различные результаты, даже будучи примененными к одной и той же паре сравниваемых видов, поэтому все цифры, приведённые в данной таблице, следует рассматривать как весьма приблизительные.

[1]

[2]

[3]