Thorarchaeota
| Thorarchaeota | |||||
| Научная классификация | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| |||||
| Международное научное название | |||||
|
Thorarchaeota Seitz et al. 2016 | |||||
| |||||
Thorarchaeota (лат.) — предполагаемый тип архей, выделение которого было предложено в 2016 году на основании метагеномного анализа донных осадков из эстуарной зоны реки White Oak River[en] в Северной Каролине (США). Представители группы способны выделять ацетат при деградации белков и, по-видимому, восстанавливать элементарную серу и тиосульфат. Филогенетический анализ указывает на древность и широкое распространение архей типа. Название группы отражает близость её к другой древней группе архей — Lokiarchaeota[1].
Открытие
Река White Oak River в Северной Каролине, в которой были обнаружены метагеномные образцы архей группы Thorarchaeota, служит модельной системой для изучения микробных сообществ, осуществляющих анаэробный круговорот углерода, в особенности метаногенез и окисление метана. Метагеномная реконструкция геномов из образцов донных отложений этой реки привела к сборке почти полных геномов (длиной 2,4—3,9 мегабаз) архей ранее неизвестной группы, которая получила название Thorarchaeota[1].
Метаболизм
Генный состав геномов Thorarchaeota указывает на то, что представители группы, по-видимому, способны к деградации белков. У них были идентифицированы гены, кодирующие ферменты деградации белков клострипаин[en] (cloSI) и гинджипаин[en] (rgpA), а также несколько других внеклеточных пептидаз. Во всех геномах были обнаружены гены переносчиков ди- и олигопептидов, а у некоторых ещё и переносчики разветвлённых аминокислот. Похоже, что способность к переносу белков извне внутрь клетки присуща всем археям группы. Кроме того, у всех Thorarchaeota выявлены гены, необходимые для деградации перенесённых внутрь белков до кетокислот. Предполагается, что именно белки служат источником углерода для архей Thorarchaeota[1].
У группы архей обнаружены гена ряда предполагаемых оксидоредуктаз, таких как пируват ферредоксин оксидоредуктаза[en], индолпируват ферредоксин оксидоредуктаза[en] и альдегидоксидоредуктаза. Эти ферменты превращают кетокислоты в ацетил-СоА и органические кислоты, такие как ацетат. Для их работы необходим окисленный ферредоксин как акцептор электронов, пул которого может поддерживать никелево-железными гидрогеназами[en], гены которых были обнаружены у ряда Thorarchaeota[1].
В геномах этих архей было обнаружено небольшое количество ферментов метаболизма углеводов, однако функции удалось определить лишь для некоторых из них (целлюлазы и альфа-маннозидазы[en]). Таким образом, похоже, углеводы служат для них только вспомогательным источником углерода. В собранных геномах обнаружены гены всех белков, необходимых для гликолиза, кроме гексокиназы. По-видимому, Thorarchaeota способны целиком или полностью превращать глюкозо-6-фосфат в фосфоенолпируват. Пируваткиназа[en] отсутствует у всех представителей данной группы, вместо неё пируват образует фосфоенолпируватсинтаза[en]. Все археи типа способны превращать пируват в ацетил-СоА, используя субъединицы Е1 и Е2 пируватдегидрогеназы и все субъединицы пируват:ферредоксин оксидоредуктазы. Почти все ферменты цикла Кребса у них отсутствуют, однако у всех был выявлен почти полный сукцинатдегидрогеназный комплекс. Можно предположить, что окисление ацетил-СоА посредством цикла Кребса не является ключевым путём получения энергии у Thorarchaeota[1].
У всех Thorarchaeota был выявлен ген ADP-образующей субъединицы ацетил-СоА синтетазы[en], которая участвует в образовании ацетата у Pyrococcus furiosus[en] и других архей. Таким образом, археи данного типа могут образовывать ацетат, однако генов спиртового брожения у них не выявлено. Они предположительно образуют ацетат при гидролитической деградации ацетил-СоА. Ацетат служит ключевым субстратом для восстанвления сульфата и метаногенеза в эстуарных донных отложениях и является важным связующим звеном между окислительным метаболизмом и брожением[1].
У некоторых представителей были обнаружены почти все гены пути Вуда — Льюнгдаля, который обеспечивает автотрофную фиксацию двух молекул внутриклеточного СО2 сначала до ацетил-СоА и потом до ацетата. Таким образом, часть Thorarchaeota могут быть способны к фиксации СО2 и обеспечивать себя при помощи автотрофного ацетогенеза[en][1].
У всех Thorarchaeota выявлены гомологи фермента сульфогидрогеназы P. furiosus, поэтому археи этой группы, скорее всего, способны восстанавливать серу. У некоторых из них были обнаружены переносчики сульфата и тиосульфата, сульфогидрогеназа и тиосульфатредуктаза[1].
Филогенетические связи
Анализ гена 16S рРНК показал, что Thorarchaeota довольно широко распространены в природе: они встречаются в мангровых зарослях, озёрах и гидротермальных морских донных отложениях. Он же показал, что представители Thorarchaeota отличаются от архей остальных типов. Они имеют общего предка с недавно выделенной группой архей Lokiarchaeota и находятся вблизи основания филогенетического древа архей[1].
Напишите отзыв о статье "Thorarchaeota"
Примечания
- ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Seitz K. W., Lazar C. S., Hinrichs K. U., Teske A. P., Baker B. J. [www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26824177 Genomic reconstruction of a novel, deeply branched sediment archaeal phylum with pathways for acetogenesis and sulfur reduction.] (англ.) // The ISME journal. — 2016. — Vol. 10, no. 7. — P. 1696—1705. — DOI:10.1038/ismej.2015.233. — PMID 26824177.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Эта статья входит в число добротных статей русскоязычного раздела Википедии. |
Отрывок, характеризующий Thorarchaeota
Остановившись против Павлоградского полка, государь сказал что то по французски австрийскому императору и улыбнулся.Увидав эту улыбку, Ростов сам невольно начал улыбаться и почувствовал еще сильнейший прилив любви к своему государю. Ему хотелось выказать чем нибудь свою любовь к государю. Он знал, что это невозможно, и ему хотелось плакать.
Государь вызвал полкового командира и сказал ему несколько слов.
«Боже мой! что бы со мной было, ежели бы ко мне обратился государь! – думал Ростов: – я бы умер от счастия».
Государь обратился и к офицерам:
– Всех, господа (каждое слово слышалось Ростову, как звук с неба), благодарю от всей души.
Как бы счастлив был Ростов, ежели бы мог теперь умереть за своего царя!
– Вы заслужили георгиевские знамена и будете их достойны.
«Только умереть, умереть за него!» думал Ростов.
Государь еще сказал что то, чего не расслышал Ростов, и солдаты, надсаживая свои груди, закричали: Урра! Ростов закричал тоже, пригнувшись к седлу, что было его сил, желая повредить себе этим криком, только чтобы выразить вполне свой восторг к государю.
Государь постоял несколько секунд против гусар, как будто он был в нерешимости.
«Как мог быть в нерешимости государь?» подумал Ростов, а потом даже и эта нерешительность показалась Ростову величественной и обворожительной, как и всё, что делал государь.
Нерешительность государя продолжалась одно мгновение. Нога государя, с узким, острым носком сапога, как носили в то время, дотронулась до паха энглизированной гнедой кобылы, на которой он ехал; рука государя в белой перчатке подобрала поводья, он тронулся, сопутствуемый беспорядочно заколыхавшимся морем адъютантов. Дальше и дальше отъезжал он, останавливаясь у других полков, и, наконец, только белый плюмаж его виднелся Ростову из за свиты, окружавшей императоров.
В числе господ свиты Ростов заметил и Болконского, лениво и распущенно сидящего на лошади. Ростову вспомнилась его вчерашняя ссора с ним и представился вопрос, следует – или не следует вызывать его. «Разумеется, не следует, – подумал теперь Ростов… – И стоит ли думать и говорить про это в такую минуту, как теперь? В минуту такого чувства любви, восторга и самоотвержения, что значат все наши ссоры и обиды!? Я всех люблю, всем прощаю теперь», думал Ростов.
Когда государь объехал почти все полки, войска стали проходить мимо его церемониальным маршем, и Ростов на вновь купленном у Денисова Бедуине проехал в замке своего эскадрона, т. е. один и совершенно на виду перед государем.
Не доезжая государя, Ростов, отличный ездок, два раза всадил шпоры своему Бедуину и довел его счастливо до того бешеного аллюра рыси, которою хаживал разгоряченный Бедуин. Подогнув пенящуюся морду к груди, отделив хвост и как будто летя на воздухе и не касаясь до земли, грациозно и высоко вскидывая и переменяя ноги, Бедуин, тоже чувствовавший на себе взгляд государя, прошел превосходно.
Сам Ростов, завалив назад ноги и подобрав живот и чувствуя себя одним куском с лошадью, с нахмуренным, но блаженным лицом, чортом , как говорил Денисов, проехал мимо государя.
– Молодцы павлоградцы! – проговорил государь.
«Боже мой! Как бы я счастлив был, если бы он велел мне сейчас броситься в огонь», подумал Ростов.
Когда смотр кончился, офицеры, вновь пришедшие и Кутузовские, стали сходиться группами и начали разговоры о наградах, об австрийцах и их мундирах, об их фронте, о Бонапарте и о том, как ему плохо придется теперь, особенно когда подойдет еще корпус Эссена, и Пруссия примет нашу сторону.
Но более всего во всех кружках говорили о государе Александре, передавали каждое его слово, движение и восторгались им.
Все только одного желали: под предводительством государя скорее итти против неприятеля. Под командою самого государя нельзя было не победить кого бы то ни было, так думали после смотра Ростов и большинство офицеров.
Все после смотра были уверены в победе больше, чем бы могли быть после двух выигранных сражений.
На другой день после смотра Борис, одевшись в лучший мундир и напутствуемый пожеланиями успеха от своего товарища Берга, поехал в Ольмюц к Болконскому, желая воспользоваться его лаской и устроить себе наилучшее положение, в особенности положение адъютанта при важном лице, казавшееся ему особенно заманчивым в армии. «Хорошо Ростову, которому отец присылает по 10 ти тысяч, рассуждать о том, как он никому не хочет кланяться и ни к кому не пойдет в лакеи; но мне, ничего не имеющему, кроме своей головы, надо сделать свою карьеру и не упускать случаев, а пользоваться ими».
В Ольмюце он не застал в этот день князя Андрея. Но вид Ольмюца, где стояла главная квартира, дипломатический корпус и жили оба императора с своими свитами – придворных, приближенных, только больше усилил его желание принадлежать к этому верховному миру.
Он никого не знал, и, несмотря на его щегольской гвардейский мундир, все эти высшие люди, сновавшие по улицам, в щегольских экипажах, плюмажах, лентах и орденах, придворные и военные, казалось, стояли так неизмеримо выше его, гвардейского офицерика, что не только не хотели, но и не могли признать его существование. В помещении главнокомандующего Кутузова, где он спросил Болконского, все эти адъютанты и даже денщики смотрели на него так, как будто желали внушить ему, что таких, как он, офицеров очень много сюда шляется и что они все уже очень надоели. Несмотря на это, или скорее вследствие этого, на другой день, 15 числа, он после обеда опять поехал в Ольмюц и, войдя в дом, занимаемый Кутузовым, спросил Болконского. Князь Андрей был дома, и Бориса провели в большую залу, в которой, вероятно, прежде танцовали, а теперь стояли пять кроватей, разнородная мебель: стол, стулья и клавикорды. Один адъютант, ближе к двери, в персидском халате, сидел за столом и писал. Другой, красный, толстый Несвицкий, лежал на постели, подложив руки под голову, и смеялся с присевшим к нему офицером. Третий играл на клавикордах венский вальс, четвертый лежал на этих клавикордах и подпевал ему. Болконского не было. Никто из этих господ, заметив Бориса, не изменил своего положения. Тот, который писал, и к которому обратился Борис, досадливо обернулся и сказал ему, что Болконский дежурный, и чтобы он шел налево в дверь, в приемную, коли ему нужно видеть его. Борис поблагодарил и пошел в приемную. В приемной было человек десять офицеров и генералов.
